sprawdzian2 KNIME_2016D
Zadanie: skonstruować schemat wg poleceń:
-
przeczytać dane aktywności związków na kinazę JAK1 z pliku dostępnego tutaj.
-
odfiltrować kolumny tak, żeby zostały jedynie:
-
CMPD_CHEMBLID(identyfikator związku) -
CANONICAL_SMILES(struktura w smiles) -
STANDARD_VALUE(% inhibicji w 1uM) -
zmienić nazwy kolumn (:bulb: tip: column rename)
-
CMPD_CHEMBLID->ID -
CANONICAL_SMILES->smiles -
STANDARD_VALUE->Inhibicja JAK1 @1uM -
policzyć parametry fizykochemiczne: logP, TPSA, MW (AMW), HBA i HBD
-
pokolorować dane wg Masy Molowej (MW) (niskie wartości - fioletowy, wysokie - zielony)
-
przefiltrować dane tak, aby zostały jedynie związki o wartościach logP między 0 a 3
-
wygenerować wykres parallel coordinates; na osiach umieścić inhibicję, logP, TPSA i MW; wykres zapisać jako png
-
wybrać 10 związków o najwyższej wartości inhibicji (:bulb: sorter - sort by: inhibicja - descending; potem partitioning - 10 sztuk, take from top)
- zapisać wynik do PDFa
⚠️ w Report Author wpisać swoje imię i nazwisko!
- Podpisać trzy pierwsze węzły (F2...)
- Dodać adnotację do schematu (
new workflow annotation) ze swoim imieniem, nazwiskiem i grupą - zapisać obrazek workflow'u jako svg (file -> export to SVG)
Aaaaaaby zaliczyć sprawdzian, proszę wysłać mi trzy pliki, z imieniem i nazwiskiem jako nazwą pliku:
- wykres w pliku png
- PDFa z tabelą
- obrazek workflow'u jako plik svg
Mój adres: 