pymol zaliczenie 2020C

GRUPA: 2020A

Zadanie

Proszę wczytać w pymolu wskazaną strukturę a następnie:

• zostawić tylko jeden łańcuch białka (jeśli jest kilka)
• ustawić tło koloru białego (white)
• usunąć wodę ze struktury
• wyekstrahować ligand (jeśli mamy więcej niż jeden ligand to wybrać ten największy)
• ustawić reprezentację liganda: spheres
• reprezentacja białka: cartoon (kolor: rainbow)
• znaleźć wiązania wodorowe między ligandem a białkiem; zmienić ich kolor na widoczny (np niebieski)
• w białku podpisać aminokwasy, które tworzą wiązania wodorowe (labels)
• zmierzyć długość liganda (wybrać arbitralnie najbardziej oddalone od siebie atomy w ligandzie)
• ustalić dwie "ładne" pozy (takie, w których dobrze widać kieszeń wiązania oraz ligand), dla nich zrobić raytracing (ray) a rysunki zapisać jako png
• zmienić reprezentację białka na powierzchniową (surface) i wygenerować rysunek pokazujący całe białko w tej reprezentacji (również z raytracingiem).

Zaliczenie

Aaaaaaby zaliczyć sprawdzian, proszę wysłać mi mailem:

• trzy wygenerowane obrazki, z imieniem, nazwiskiem oraz kodem białka w nazwie pliku (np jan_kowalski_3XP2_1.png)
• treść maila powinna zawierać następujące informacje:

Imię, nazwisko:
Nr indeksu:
Kod białka:
Grupa sprawdzianu: 2020A/B/C/D/E/...

Mój adres: