-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
marvin2024_A
filips edited this page Nov 26, 2024
·
4 revisions
💡 Proszę przeczytać dokładnie poniższe instrukcje.
- Pobieramy dokument - template do odpowiedzi
- Sprawdzamy strukturę, która została nam przydzielona (w formacie SMILES)
- Wypełniamy tabelę w nagłówku dokumentu odpowiedzi
- Odpowiadamy na pytania.
- Odpowiedzi wysyłamy na mój adres (do znalezienia tutaj)
Uwagi:
- typowe wartości pH w różnych obszarach przewodu pokarmowego pokazane są na rysunku na dole tej strony; proszę przyjąć dolne wartości zakresów.
- po wysłaniu arkusza odpowiedzi (i upewnieniu się, że mail wyszedł z załącznikiem) należy skasować wszystkie pliki związane z kolokwium z komputera (tj pulpitu, pobranych itp)
- Wykonanie zrzutu ekranu: Ctrl+PrtScr
Życzę powodzenia! 👍
Dla wskazanej cząsteczki proszę wyznaczyć:
- pKa wszystkich grup których to może dotyczyć (załączyć rysunek); dołączyć odpowiedni wykres udziału poszczególnych form w zależności od pH
- Czy związek ma szansę wchłaniać się w jamie ustnej, żołądku, jelitach? Odpowiedź krótko uzasadnić (1-2 zdania).
- Dla wartości pH typowych dla śliny, żołądka, jelita proszę policzyć logD w tych pH; podać wartości oraz załączyć odpowiednie wizualizacje
- Policzyć PSA (polar surface area 2D) i podać jego wartość
Dla wskazanej cząsteczki stwierdzono, iż pewne efekty niepożądane związane są z terminalną grupą aromatyczną. Na podstawie bazy bioizosterów proszę zaproponować zamianę tej grupy na inną, która nie spowoduje zwiększenia masy molowej ani logP.
- Proszę załączyć zrzut ekranu odpowiedniego wpisu w bazie danych
- Przewidywania potwierdzić obliczeniami w programie Marvin - proszę podać MW i logP oryginalnego i zmodyfikowanego związku.
(Za: Review of in vitro digestion models for rapid screening of emulsion-based systems, David Julian McClements and Yan Lia, Food Funct., 2010,1, 32-59)
Computer Aided Drug Design @ Politechnika Warszawska, Filip Stefaniak