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Portfolio.md

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   - /SAR-2022-033-SG/
   - /SAR-2022-033/
 categories:
-  - case-control
-  - cross-sectional
-  - longitudinal-studies
-  - cohort
   - clinical-trial
-  - ecological
   - epidemiology
-  - bioassay
-  - systematic-review
-  - technical-report
-  - data-product
 tags:
-  - prevalence
   - incidence
-  - diagnostic-models
   - prognostic-models
-  - survival-analysis
-  - efficacy
-  - concordance-analysis
-  - survey
-  - meta-analysis
-  - decision-trees
-  - machine-learning
-  - unsupervised-learning
-  - data-instrument
 ---
 
-Objetivo
+Avaliar a eficácia do enxerto Vivendi na correção de curvatura peniana.
 
-Análise Estatística para PESSOA (LOCAL, aaaa)
-<!-- Relatório técnico para PESSOA (LOCAL, aaaa) -->
+Análise Estatística para Sidney Glina (Zammi, 2022)
+<!-- Relatório técnico para Sidney Glina (Zammi, 2022) -->
 
 ## Análises realizadas
 
 1. Análise descritiva
 1. Análise inferencial
-1. Análise de poder
-1. Imputação de dados faltantes
 1. Modelagem estatística
 
 ## Documentos

README.md

@@ -1,16 +1,14 @@
-# [title]
+# Plano Analítico para eficácia do enxerto Vivendi na correção de curvatura peniana
 
-Objetivo
+Avaliar a eficácia do enxerto Vivendi na correção de curvatura peniana.
 
-Análise Estatística para PESSOA (LOCAL, aaaa)
-<!-- Relatório técnico para PESSOA (LOCAL, aaaa) -->
+Análise Estatística para Sidney Glina (Zammi, 2022)
+<!-- Relatório técnico para Sidney Glina (Zammi, 2022) -->
 
 ## Análises realizadas
 
 1. Análise descritiva
 1. Análise inferencial
-1. Análise de poder
-1. Imputação de dados faltantes
 1. Modelagem estatística
 
 ## Documentos

report/SAP-2022-033-SG-v01.Rmd

@@ -1,7 +1,7 @@
 ---
-title: "Plano Analítico para [title]"
+title: "Plano Analítico para Eficácia do enxerto Vivendi na correção de curvatura peniana"
 subtitle: 'DOCUMENTO: SAP-2022-033-SG-v01'
-author: '**De:** Felipe Figueiredo **Para:** ___'
+author: '**De:** Felipe Figueiredo **Para:** Sidney Glina'
 date: "`r Sys.Date()`"
 output:
   html_document:
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 \newpage
 
-**Plano Analítico para [title]**
+**Plano Analítico para Eficácia do enxerto Vivendi na correção de curvatura peniana**
 
 **Histórico do documento**
 
@@ -73,6 +73,8 @@ kable(history)
 
 ## Objetivos
 
+Avaliar a eficácia do enxerto Vivendi na correção de curvatura peniana.
+
 ## Hipóteses
 
 # Dados
@@ -213,7 +215,7 @@ Recomenda-se que todos os estudos observacionais sigam o guideline STROBE (von E
 
 # Referências
 
-- **SAR-2022-033-SG-v01** -- [title]
+- **SAR-2022-033-SG-v01** -- Eficácia do enxerto Vivendi na correção de curvatura peniana
 <!-- - Cohen, J. (1988). Statistical power analysis for the behavioral sciences (2nd Ed.). New York: Routledge. -->
 - Zarin DA, et al. The ClinicalTrials.gov results database -- update and key issues. N Engl J Med 2011;364:852-60 (<https://doi.org/10.1056/NEJMsa1012065>).
 - Gamble C, et al. Guidelines for the Content of Statistical Analysis Plans in Clinical Trials. JAMA. 2017;318(23):2337–2343 (<https://doi.org/10.1001/jama.2017.18556>).

report/SAP-2022-033-SG-v01.md

@@ -0,0 +1,222 @@
+---
+title: "Plano Analítico para Eficácia do enxerto Vivendi na correção de curvatura peniana"
+subtitle: 'DOCUMENTO: SAP-2022-033-SG-v01'
+author: '**De:** Felipe Figueiredo **Para:** Sidney Glina'
+date: "2022-12-17"
+output:
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+toc-title: "Sumário"
+---
+
+
+
+
+
+---
+
+\newpage
+
+**Plano Analítico para Eficácia do enxerto Vivendi na correção de curvatura peniana**
+
+**Histórico do documento**
+
+
+|Versão |Alterações     |
+|:------|:--------------|
+|01     |Versão inicial |
+
+---
+
+# Lista de abreviaturas
+
+- d: tamanho de efeito D de Cohen
+- CV: coeficiente de variação
+- DP: desvio padrão
+- HR: razão de risco (*hazards ratio*)
+- IC: intervalo de confiança
+- IIQ: intervalo interquartílico
+- IMC: índice de massa corpórea
+- IRR: razão de taxas de incidência (*incidence rates ratio*)
+- OR: razão de chances (*odds ratio*)
+- RR: razão de riscos (*risks ratio*)
+
+# Contexto
+
+## Objetivos
+
+Avaliar a eficácia do enxerto Vivendi na correção de curvatura peniana.
+
+## Hipóteses
+
+# Dados
+
+## Dados brutos
+
+A base de dados original possuía
+3
+variáveis coletadas de
+20
+observações.
+
+## Tabela de dados analíticos
+
+Depois dos procedimentos de limpeza e seleção
+3
+variáveis foram incluídas na análise com
+20
+observações.
+A Tabela 1 mostra a estrutura dos dados analíticos.
+
+
+| id  | exposure | outcome |
+|:---:|:--------:|:-------:|
+|  1  |          |         |
+|  2  |          |         |
+|  3  |          |         |
+| ... |          |         |
+|  N  |          |         |
+
+Table: **Tabela 1** Estrutura da tabela de dados analíticos após seleção e limpeza das variáveis.
+
+Todas as variáveis da tabela de dados analíticos foram identificadas de acordo com as descrições das variáveis, e os valores foram identificados de acordo com o dicionário de dados providenciado.
+Estas identificações possibilitarão a criação de tabelas de resultados com qualidade de produção final.
+
+# Parâmetros do estudo
+
+## Desenho do estudo
+
+## Critérios de inclusão e exclusão
+
+## Exposições
+
+## Desfechos
+
+**Especificação das medidas de desfecho** (Zarin, 2011):
+
+1. (Domínio)
+2. (Mensuração específica)
+3. (Métrica específica)
+4. (Método de agregação)
+
+**Desfecho primário**
+
+## Covariáveis
+
+# Métodos estatísticos
+
+## Análises estatísticas
+
+### Análise descritiva
+
+O perfil epidemiológico dos participantes do estudo será descrito na baseline.
+As características demográficas
+(sexo, idade e IMC)
+e clínicas
+<!-- ( [vars] ) -->
+serão descritas como
+média (DP)
+<!-- mediana (IIQ) -->
+ou frequência e proporção (%), conforme apropriado.
+As distribuições das características dos participantes serão resumidas em tabelas e visualizadas em gráficos exploratórios
+
+### Análise inferencial
+
+Todas as comparações entre os grupos serão avaliadas como análises univariadas.
+Variáveis contínuas serão comparadas entre os grupos com o
+teste t de grupos independentes com a correção de Welch.
+<!-- teste t pareado. -->
+<!-- teste de Mann-Whitney. -->
+<!-- teste de Wilcoxon. -->
+Diferenças nas distribuições de variáveis categóricas serão avaliadas com o teste
+exato de Fisher.
+<!-- qui-quadrado. -->
+<!-- McNemar. -->
+
+<!-- Todas as análises inferenciais serão realizadas com base nos modelos estatísticos (descritos na próxima seção). -->
+
+### Modelagem estatística
+
+### Dados faltantes
+
+Não serão realizadas imputações de dados faltantes.
+Todas as avaliações serão realizadas como análises de casos completos.
+
+## Significância e Intervalos de Confiança
+
+Todas as análises serão realizadas ao nível de significância de 5%.
+Todos os testes de hipóteses e intervalos de confiança calculados serão
+bicaudais.
+<!-- unicaudais à esquerda. -->
+<!-- unicaudais à direita. -->
+
+## Tamanho da amostra e Poder
+
+
+
+<!-- Os grupos de estudo eram balanceados e o tamanho total da amostra foi 20 incluindo todos os grupos. -->
+
+<!-- Os grupos do estudo não eram balanceados com -->
+<!-- 10 participantes no grupo1 -->
+<!-- e -->
+<!-- 10 participantes no grupo2 -->
+<!-- e um total amostral de 20. -->
+<!-- Esta análise de poder ajusta para os diferentes tamanhos dos grupos. -->
+
+<!-- Com estes tamanhos amostrais um teste t pode detectar um tamanho de efeito tão grande quanto -->
+<!-- **d = 1.32** -->
+<!-- com poder estatístico de 80% e um nível de significância de 5% (Cohen, 1988). -->
+
+N/A
+
+## Softwares utilizados
+
+Esta análise será realizada utilizando-se o software `R` versão 4.2.1.
+
+# Observações e limitações
+
+**Guideline recomendado de relato completo**
+
+A adoção dos guidelines de relato da rede EQUATOR (<http://www.equator-network.org/>) têm sido ampliada em revistas científicas.
+Recomenda-se que todos os estudos observacionais sigam o guideline STROBE (von Elm et al, 2014).
+
+# Referências
+
+- **SAR-2022-033-SG-v01** -- Eficácia do enxerto Vivendi na correção de curvatura peniana
+<!-- - Cohen, J. (1988). Statistical power analysis for the behavioral sciences (2nd Ed.). New York: Routledge. -->
+- Zarin DA, et al. The ClinicalTrials.gov results database -- update and key issues. N Engl J Med 2011;364:852-60 (<https://doi.org/10.1056/NEJMsa1012065>).
+- Gamble C, et al. Guidelines for the Content of Statistical Analysis Plans in Clinical Trials. JAMA. 2017;318(23):2337–2343 (<https://doi.org/10.1001/jama.2017.18556>).
+- von Elm E, Altman DG, Egger M, Pocock SJ, Gøtzsche PC, Vandenbroucke JP; STROBE Initiative. The Strengthening the Reporting of Observational Studies in Epidemiology (STROBE) Statement: guidelines for reporting observational studies. Int J Surg. 2014 Dec;12(12):1495-9 (<https://doi.org/10.1016/j.ijsu.2014.07.013>).
+
+# Apêndice
+
+Este documento foi elaborado seguindo recomendações de estrutura para Planos de Análise Estatística (Gamble, 2017) para maior transparência e clareza.
+
+## Disponibilidade
+
+Todos os documentos gerados nessa consultoria foram incluídos no portfólio do consultor.
+
+<!-- O cliente solicitou que esta análise seja mantida confidencial até uma futura data, determinada pelo próprio cliente. -->
+<!-- Todos os documentos gerados nessa consultoria portanto não foram publicados online e apenas o título e o ano da análise foram incluídas no portfólio do consultor. -->
+<!-- Após a data acordada, os documentos serão disponibilizados. -->
+
+<!-- O cliente solicitou que esta análise seja mantida confidencial. -->
+<!-- Todos os documentos gerados nessa consultoria portanto não foram publicados online e apenas o título e o ano da análise foram incluídas no portfólio do consultor. -->
+
+O portfólio pode ser visto em:
+
+<https://philsf-biostat.github.io/SAR-2022-033-SG/>