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report/SAP_DM_2020-v01.Rmd

@@ -1,5 +1,5 @@
 ---
-title: "Plano de Análise Estatística de ..."
+title: "Plano de Análise Estatística de estudo de carpectomias comparando vias de acesso dorsal e volar"
 author: '**De:** Felipe Figueiredo **Para:** Diego Rezende Martins'
 date: '**Data: ** 07/01/2021'
 output:
@@ -85,6 +85,8 @@ colnames(sigs) <- c("Papel", "Nome", "Função", "Assinatura", "Data")
 
 ## Objetivos
 
+Avaliar se há diferença entre uso de das técnicas de acesso cirúrgico volar e dorsal em indicadores clínicos.
+
 ## Hipóteses
 
 # Limpeza dos dados

report/SAP_DM_2020-v01.md

@@ -1,5 +1,5 @@
 ---
-title: "Plano de Análise Estatística de ..."
+title: "Plano de Análise Estatística de estudo de carpectomias comparando vias de acesso dorsal e volar"
 author: '**De:** Felipe Figueiredo **Para:** Diego Rezende Martins'
 date: '**Data: ** 07/01/2021'
 output:
@@ -54,6 +54,8 @@ toc-title: "Sumário"
 
 ## Objetivos
 
+Avaliar se há diferença entre uso de das técnicas de acesso cirúrgico volar e dorsal em indicadores clínicos.
+
 ## Hipóteses
 
 # Limpeza dos dados

report/analise_dados_DM_2020-v01.Rmd

@@ -1,7 +1,7 @@
 ---
-title: "Análise Estatística de ..."
+title: "Análise estatística de estudo de carpectomias comparando vias de acesso dorsal e volar"
 author: '**De:** Felipe Figueiredo **Para:** Diego Rezende Martins'
-date: '**Data: ** dd/mm/aaaa'
+date: '**Data: ** 10/01/2021'
 output:
  html_document:
  fig_caption: yes
@@ -37,7 +37,7 @@ panderOptions('table.style', 'rmarkdown')
 
 **Histórico do documento**
 
-```{r, echo = FALSE}
+```{r versão, echo = FALSE}
 Version <- c("01")
 Changes <- c("Versão inicial")
 history <- cbind(Version, Changes)
@@ -50,7 +50,7 @@ kable(history)
 
 <!-- **Assinaturas** -->
 
-```{r, echo=FALSE}
+```{r assinaturas, echo=FALSE}
 sig.field <- "__________________________"
 date.field <- "_____________"
 Stat <- c("Elaborador", "Nome", "Função", sig.field, date.field)
@@ -71,10 +71,6 @@ colnames(sigs) <- c("Papel", "Nome", "Função", "Assinatura", "Data")
 # kable(sigs)
 ```
 
-```{r}
-source('scripts/results.R', encoding = 'UTF-8')
-```
-
 # Lista de abreviaturas
 
 - DM: Diabetes mellitus
@@ -83,6 +79,10 @@ source('scripts/results.R', encoding = 'UTF-8')
 - HT: Hipotireoidismo
 - IVC:
 
+```{r carregar resultados}
+source('scripts/results.R', encoding = 'UTF-8')
+```
+
 # Introdução
 
 ## Objetivos
@@ -93,7 +93,7 @@ Avaliar se há diferença entre uso de das técnicas de acesso cirúrgico volar
 
 Os dados recebidos foram reorganizados em uma tabela retangular, agrupando todos os casos em linhas com uma coluna por variável.
 A coluna ID foi redefinida de modo que haja um ID único para cada participante incluído no estudo, independente do grupo.
-Com isso, a tabela de dados analíticos aprensenta uma linha para cada observação das variáveis, i.e., cada um dos vinte participantes incluídos no estudo.
+Com isso, a tabela de dados analíticos apresenta uma linha para cada observação das variáveis, i.e., cada um dos vinte participantes incluídos no estudo.
 
 As seguintes novas variáveis foram criadas a partir para a análise:
 
@@ -132,7 +132,7 @@ As variáveis numéricas foram descritas como média e desvio padrão.
 As variáveis categóricas foram descritas como frequência e proporção.
 As proporções foram apresentadas como porcentagem.
 A comparação de variáveis numéricas entre os dois grupos foi avaliada com o teste t de Student não pareado.
-O p-valor do teste t de student foi apresentado na tabela descritiva dos resultados
+O p-valor do teste t de Student foi apresentado na tabela descritiva dos resultados
 A comparação de variáveis categóricas entre os dois grupos foi avaliada com o teste exato de Fisher.
 Todas as análises foram feitas com nível de significância de 5%.
 Todos os testes de significância e intervalos de confiança calculados foram bilaterais.
@@ -141,25 +141,75 @@ Esta análise foi realizada utilizando-se o software `R` versão `r getRversion(
 
 # Resultados
 
+Vinte participantes foram incluídos neste estudo.
+A maioria destes eram homens (85%), com idade média de aproximadamente 55 anos (Tabela 1).
+Dentre as comorbidades avaliadas a hipertensão arterial foi a de maior prevalência ocorrendo em 9 participantes (45%).
+
 ```{r tabela1}
 pander(tab1)
 ```
 
-Table: **Tabela 1**
+Table: **Tabela 1** Características clínicas e epidemiológicas dos participantes de estudo.
+mean (SD): média (desvio padrão);
+DOMINANTE: se o punho acometido era o lado dominante do participante;
+DM: Diabetes mellitus;
+HAS: Hipertensão arterial sistêmica;
+HT: Hipotireoidismo;
+IVC:
+
+A enfermidade avaliada neste estudo foi observada no lado dominante em aproximadamente metade da amostra de estudo (55%), tanto em participantes destros ou canhotos.
+Se esta amostra fosse representativa, isto indicaria que não deve haver associação entre o lado acometido e possíveis observações funcionais sobre os indivíduos incluídos.
+Salientamos que além deste estudo (n = 20) ser muito pequeno para avaliar este tipo de hipótese, o estudo não foi desenho de modo a calcular a incidência.
+Assim esta observação reflete apenas o resultado de associação, e não causalidade.
+
+```{r Cohen d, include=FALSE}
+library(DescTools)
+library(pwr)
+ES.study <- pwr.t.test(n = 10, power = 0.8)
+d <- CohenD(dados[GRUPO == "VOLAR"]$EVD, dados[GRUPO == "DORSAL"]$EVD)
+```
+
+A tabela 2 exibe as comparações entre os dois grupos de estudo.
+Não há evidências nesta amostra de que a troca de acesso cirúrgico altere significativamente o EVD pós-operatório (tamanho do efeito padronizado d = `r format.float(d)`).
 
 ```{r tabela2}
 pander(tab2, split.table = Inf)
 ```
 
-Table: **Tabela 2**
+Table: **Tabela 2** Comparação dos desfechos clínicos nas duas vias cirúrgicas.
+mean (SD): média (desvio padrão);
+SATISFAÇÃO: grau de satisfação com o procedimento;
+RETORNO: se o participante retornou às atividades laborais dentro do período de observação;
+ARTROSE: se foi detectada alteração denegerativa nos exames radiográficos;
+TEMPO ARTROSE: medido em anos.
 ¹ teste t de Student, ² teste exato de Fisher.
-<!-- # Exceções e Desvios do teste -->
+
+Também não foi possível detectar diferença na taxa de retorno ao trabalho após o procedimento, na ocorrência de artrose e, nos casos em que houve artrose, no tempo até sua ocorrência (Tabela 2).
+
+# Exceções e Observações
+
+É importante salientar que este estudo não tem poder estatístico suficiente para detectar diferenças significativas, a menos que o efeito clínico fosse desproporcionalmente maior em uma das vias.
+O tamanho de efeito observado nesta amostra foi d = `r format.float(d)`, enquanto que a análise de poder elaborada no SAP indicava que este estudo poderia detectar apenas efeitos superiores a `r format.float(ES.study$d)` consistentemente.
+Isto não representa uma limitação metodológica deste estudo, especialmente considerando o contexto acadêmico em que se apresenta.
+Ainda assim é necessário ratificar que o mesmo não identifica evidências suficientes para uma mudança na assistência a esta enfermidade específica.
+
+Uma alteração foi feita neste relatório em relação ao que foi definido no SAP:
+o tempo até ocorrência de artrose seria apresentado apenas no perfil epidemiológico da amostra de estudo.
+Como esta variável deve ser semanticamente apresentada conjuntamente à ocorrência da artrose, ambas foram avaliadas e apresentadas no escopo da análise inferencial (tabela 2).
 
 # Conclusões
 
+O perfil epidemiológico do participante que realizou este procedimento cirúrgico tem predominância do sexo masculino (85%), e embora todas as comorbidades tenham sido observadas a maior prevalência na amostra é de hipertensão (45%).
+Os dados não indicam associação entre o lado acometido e a mão dominante.
+
+Não há evidências de diferença no EVD ao comparar as vias acesso dorsal e volar.
+Não há também evidências de diferença no grau de satisfação com o procedimento, na ocorrência de artrose nem no tempo até a observação de artrose.
 
 # Referências
 
+- SAP_DM_2020-v01: Plano de Análise Estatística de estudo de carpectomias comparando vias de acesso dorsal e volar.
+- Cohen, J. (1988). Statistical power analysis for the behavioral sciences (2nd ed.). Hillsdale,NJ: Lawrence Erlbaum.
+
 # Apêndice - Dados utilizados
 
 Os dados utilizados neste relatório não podem ser publicados online por questões de sigilo.

report/analise_dados_DM_2020-v01.md

@@ -1,7 +1,7 @@
 ---
-title: "Análise Estatística de ..."
+title: "Análise estatística de estudo de carpectomias comparando vias de acesso dorsal e volar"
 author: '**De:** Felipe Figueiredo **Para:** Diego Rezende Martins'
-date: '**Data: ** dd/mm/aaaa'
+date: '**Data: ** 10/01/2021'
 output:
  html_document:
  fig_caption: yes
@@ -40,8 +40,6 @@ toc-title: "Sumário"
 
 
 
-
-
 # Lista de abreviaturas
 
 - DM: Diabetes mellitus
@@ -50,6 +48,8 @@ toc-title: "Sumário"
 - HT: Hipotireoidismo
 - IVC:
 
+
+
 # Introdução
 
 ## Objetivos
@@ -60,7 +60,7 @@ Avaliar se há diferença entre uso de das técnicas de acesso cirúrgico volar
 
 Os dados recebidos foram reorganizados em uma tabela retangular, agrupando todos os casos em linhas com uma coluna por variável.
 A coluna ID foi redefinida de modo que haja um ID único para cada participante incluído no estudo, independente do grupo.
-Com isso, a tabela de dados analíticos aprensenta uma linha para cada observação das variáveis, i.e., cada um dos vinte participantes incluídos no estudo.
+Com isso, a tabela de dados analíticos apresenta uma linha para cada observação das variáveis, i.e., cada um dos vinte participantes incluídos no estudo.
 
 As seguintes novas variáveis foram criadas a partir para a análise:
 
@@ -99,7 +99,7 @@ As variáveis numéricas foram descritas como média e desvio padrão.
 As variáveis categóricas foram descritas como frequência e proporção.
 As proporções foram apresentadas como porcentagem.
 A comparação de variáveis numéricas entre os dois grupos foi avaliada com o teste t de Student não pareado.
-O p-valor do teste t de student foi apresentado na tabela descritiva dos resultados
+O p-valor do teste t de Student foi apresentado na tabela descritiva dos resultados
 A comparação de variáveis categóricas entre os dois grupos foi avaliada com o teste exato de Fisher.
 Todas as análises foram feitas com nível de significância de 5%.
 Todos os testes de significância e intervalos de confiança calculados foram bilaterais.
@@ -108,6 +108,10 @@ Esta análise foi realizada utilizando-se o software `R` versão 4.0.3.
 
 # Resultados
 
+Vinte participantes foram incluídos neste estudo.
+A maioria destes eram homens (85%), com idade média de aproximadamente 55 anos (Tabela 1).
+Dentre as comorbidades avaliadas a hipertensão arterial foi a de maior prevalência ocorrendo em 9 participantes (45%).
+
 
 |   | Overall |
 |:---------------------:|:----------------:|
@@ -121,7 +125,23 @@ Esta análise foi realizada utilizando-se o software `R` versão 4.0.3.
 | **HT (%)** | 2 (10.0) |
 | **IVC (%)** | 1 ( 5.0) |
 
-Table: **Tabela 1**
+Table: **Tabela 1** Características clínicas e epidemiológicas dos participantes de estudo.
+mean (SD): média (desvio padrão);
+DOMINANTE: se o punho acometido era o lado dominante do participante;
+DM: Diabetes mellitus;
+HAS: Hipertensão arterial sistêmica;
+HT: Hipotireoidismo;
+IVC:
+
+A enfermidade avaliada neste estudo foi observada no lado dominante em aproximadamente metade da amostra de estudo (55%), tanto em participantes destros ou canhotos.
+Se esta amostra fosse representativa, isto indicaria que não deve haver associação entre o lado acometido e possíveis observações funcionais sobre os indivíduos incluídos.
+Salientamos que além deste estudo (n = 20) ser muito pequeno para avaliar este tipo de hipótese, o estudo não foi desenho de modo a calcular a incidência.
+Assim esta observação reflete apenas o resultado de associação, e não causalidade.
+
+
+
+A tabela 2 exibe as comparações entre os dois grupos de estudo.
+Não há evidências nesta amostra de que a troca de acesso cirúrgico altere significativamente o EVD pós-operatório (tamanho do efeito padronizado d = 0.43).
 
 
 |   | Overall | DORSAL | VOLAR | p | test |
@@ -133,15 +153,40 @@ Table: **Tabela 1**
 | **ARTROSE (%)** | 14 (70.0) | 8 (80.0) | 6 (60.0) | 0.628 | ² |
 | **TEMPO ARTROSE (mean (SD))** | 3.57 (1.09) | 3.50 (1.20) | 3.67 (1.03) | 0.789 | ¹ |
 
-Table: **Tabela 2**
+Table: **Tabela 2** Comparação dos desfechos clínicos nas duas vias cirúrgicas.
+mean (SD): média (desvio padrão);
+SATISFAÇÃO: grau de satisfação com o procedimento;
+RETORNO: se o participante retornou às atividades laborais dentro do período de observação;
+ARTROSE: se foi detectada alteração denegerativa nos exames radiográficos;
+TEMPO ARTROSE: medido em anos.
 ¹ teste t de Student, ² teste exato de Fisher.
-<!-- # Exceções e Desvios do teste -->
+
+Também não foi possível detectar diferença na taxa de retorno ao trabalho após o procedimento, na ocorrência de artrose e, nos casos em que houve artrose, no tempo até sua ocorrência (Tabela 2).
+
+# Exceções e Observações
+
+É importante salientar que este estudo não tem poder estatístico suficiente para detectar diferenças significativas, a menos que o efeito clínico fosse desproporcionalmente maior em uma das vias.
+O tamanho de efeito observado nesta amostra foi d = 0.43, enquanto que a análise de poder elaborada no SAP indicava que este estudo poderia detectar apenas efeitos superiores a 1.32 consistentemente.
+Isto não representa uma limitação metodológica deste estudo, especialmente considerando o contexto acadêmico em que se apresenta.
+Ainda assim é necessário ratificar que o mesmo não identifica evidências suficientes para uma mudança na assistência a esta enfermidade específica.
+
+Uma alteração foi feita neste relatório em relação ao que foi definido no SAP:
+o tempo até ocorrência de artrose seria apresentado apenas no perfil epidemiológico da amostra de estudo.
+Como esta variável deve ser semanticamente apresentada conjuntamente à ocorrência da artrose, ambas foram avaliadas e apresentadas no escopo da análise inferencial (tabela 2).
 
 # Conclusões
 
+O perfil epidemiológico do participante que realizou este procedimento cirúrgico tem predominância do sexo masculino (85%), e embora todas as comorbidades tenham sido observadas a maior prevalência na amostra é de hipertensão (45%).
+Os dados não indicam associação entre o lado acometido e a mão dominante.
+
+Não há evidências de diferença no EVD ao comparar as vias acesso dorsal e volar.
+Não há também evidências de diferença no grau de satisfação com o procedimento, na ocorrência de artrose nem no tempo até a observação de artrose.
 
 # Referências
 
+- SAP_DM_2020-v01: Plano de Análise Estatística de estudo de carpectomias comparando vias de acesso dorsal e volar.
+- Cohen, J. (1988). Statistical power analysis for the behavioral sciences (2nd ed.). Hillsdale,NJ: Lawrence Erlbaum.
+
 # Apêndice - Dados utilizados
 
 Os dados utilizados neste relatório não podem ser publicados online por questões de sigilo.