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luispedro · luispedro · commit fe7477b66503 · 2024-07-25T14:10:53.000+10:00
diff --git a/tests/map-minimap2/expected.sam b/tests/map-minimap2/expected.sam
@@ -3,7 +3,7 @@
 @SQ	SN:B	LN:3437
 @SQ	SN:C	LN:11798
 @SQ	SN:D	LN:3620
-@PG	ID:minimap2	PN:minimap2	VN:2.26-r1175	CL:minimap2 -t 1 -a ref.fna -
+@PG	ID:minimap2	PN:minimap2	VN:2.28-r1209	CL:minimap2 -t 1 -a ref.fna -
 ReadP	0	A	189	38	80M	*	0	0	CTCGAACCTCCAATCTTCGGATCCGAAGTCCGACGCCCCCGCGTCGGATGCGTTGTTACCACTGCTTTTGGTATCATTGA	HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH	NM:i:0	ms:i:160	AS:i:160	nn:i:0	tp:A:P	cm:i:8	s1:i:62	s2:i:0	de:f:0	rl:i:0
 ReadP	0	A	69	49	80M	*	0	0	TATATATATATTTCTTGTAATTTGTTGGAATACGAGAACATCGTCAATAATATATCGTATGAATTGAACCACACGGCACA	HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH	NM:i:0	ms:i:160	AS:i:160	nn:i:0	tp:A:P	cm:i:9	s1:i:68	s2:i:0	de:f:0	rl:i:0
 readS	0	C	35	50	80M	*	0	0	TCTTGGGAACCTACAGAACTGGTTATTGGTGTCGTGGAACCTCTTACTGCTTTCAATACACGATTAGTAATCAACTGTTT	HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH	NM:i:0	ms:i:160	AS:i:160	nn:i:0	tp:A:P	cm:i:12	s1:i:69	s2:i:0	de:f:0	rl:i:0
diff --git a/tests/regression-cigar-filter/texpected.sam b/tests/regression-cigar-filter/texpected.sam
@@ -1,4 +1,4 @@
-@HD	VN:1.6	SO:queryname
+@HD	VN:1.6	SO:queryname	SS:queryname:natural
 @SQ	SN:JPJG01000058	LN:30739
 @SQ	SN:JPJG01000046	LN:31516
 @SQ	SN:JPJG01000064	LN:32447
diff --git a/tests/samfile-select-sort/texpected.name_sorted.sam b/tests/samfile-select-sort/texpected.name_sorted.sam
@@ -1,4 +1,4 @@
-@HD	VN:1.6	SO:queryname
+@HD	VN:1.6	SO:queryname	SS:queryname:natural
 @SQ	SN:122_DCM_0d2-0d45_scaffold97490_1_gene122702	LN:30803
 H8:D1BN1ACXX:7:1103:3626:94786	1	122_DCM_0d2-0d45_scaffold97490_1_gene122702	17908	60	98M	=	17966	156	TGTGTCTAATGTAAAAAATATTTATCCTGGTGGTCAAAGTGATTTTGCAATCACTTTAAACGATGATACAGTTGAATATTGGAGTGCAATTAACCAAA	DDFEFHHHGHHFHIIJJIIJJJJHICGIJJIJIJIJIJIHIJJFHIIJGIHHIIJJHGGHII@FHCGGEGGGEHCACEDB;?;BCE@@CECCDD;>A9	NM:i:5	MD:Z:6C28T5G7G34C13	AS:i:73	XS:i:50
 H8:D1BN1ACXX:7:1104:15929:33048	1	122_DCM_0d2-0d45_scaffold97490_1_gene122702	268	11	60S38M	*	609	0	TGGATCCATTGTAGCTTGGGGTGATTCGACTACTGGTGGTTCTACAACCAATGGTGGTGGTTATACTGGTGCCCCTAGTAGTGTGACAAATGCAAGTA	ACCCCDCDACCDDDDB?>;DCCCEBCDDCFFHHHHHGGCIHJIHHGHJJIJJJIIHJIJIJJJJIIIJIJJJIHJJJJJJJIJJJIJJHHHHHFFFFF	NM:i:1	MD:Z:28G9	AS:i:33	XS:i:30

Original file line number	Diff line number	Diff line change
`@@ -1,4 +1,4 @@`
`1`		`-@HD VN:1.6 SO:queryname`
	`1`	`+@HD VN:1.6 SO:queryname SS:queryname:natural`
`2`	`2`	`@SQ SN:JPJG01000058 LN:30739`
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`4`	`4`	`@SQ SN:JPJG01000064 LN:32447`