Environment

conda create -n mri python=3.11
conda activate mri

conda install -c conda-forge nibabel
conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=12.1 -c pytorch -c nvidia
conda install pandas
conda install matplotlib
pip install tensorboard -U
conda install -c conda-forge monai
conda install scikit-learn
conda install tqdm
pip install medcam
pip install pyside6

TensorBoard

• Start
  • tensorboard --logdir=$logdir$
• url
  • http://localhost:6006

Visualize

• Start
  • python main_ui.py

File Description

• learn
  • description
    • 学习与测试脚本，可删除
• ui
  • description
    • ui 相关文件
  • files
    • resource
      • 资源文件
    • icon.ico
      • 应用 ico
    • main.ui
      • QtDesigner 界面文件
    • Ui_main.py
      • 通过 uic 将 main.ui 编译为 py 文件得到
    • resource.qrc
      • QtDesigner 资源配置文件
    • resource_rc.py
      • 通过 rcc 将 resource.qrc 编译为 py 文件得到
• checkpoint
  • 包含权重文件，运行 eval_simclr.py 得到
• runs
  • description
    • 每次训练的记录（包含分类模型和对比学习模型）
  • files
    • checkpoint.pth
      • 权重文件
    • config.yaml
      • 超参记录
    • training.log
      • 训练日志
    • events.out.tfevents.$paramters$
      • tensorboard 记录
  • data_augmentation.py
    • 数据预处理和增强方法
  • eval_classification.py
    • 对分类模型进行评价
  • eval_simclr.py
    • 对 simclr 模型进行评价（线性分类得到的特征）
  • eval.ipynb
    • 同上，训练方式较简单
  • main_ui.py
    • 可视化应用入口
  • model.py
    • 模型
  • mri_dataset.py
    • 数据集
  • predict.py
    • 对模型预测进行包装
  • process_dataset.py
    • 数据集分割
  • readme.md
    • 相关说明，此文件
  • system_config.json
    • 可视化应用设置
  • test.ipynb
    • 临时测试脚本，可删除
  • test.py
    • 测试模块
  • todo.md
    • 待办列表
  • tran_classification.py
    • 分类模型训练
  • train_simclr.ipynb
    • simclr 训练
  • util.py
    • 工具类
  • visualize.ipynb
    • 可视化脚本

打包

• pip install pyinstaller
• pyinstaller -D -i ./ui/icon.ico main_ui.py -n 基于对比学习的脑结构磁共振影像特征提取系统 --noconsole --clean --exclude-module PyQt5