GeneDecypher

GeneDecypher é um decifrador de código genético para amino ácidos, escrito em C, feito para um cliente estudante da Universidade Metodista de Angola.

Como funciona?

Primeiro compile o arquivo decypher.c e execute o arquivo compilado assim:

./arquivo_compilado dados/prot.1 dados/gene.1.

Este decifrador genético vai ler cada arquivo passado como parámetro (dados/prot.1 e dados/gene.1) e recolherá as amostras contidas neles. O primeiro arquivo deve ser sempre a proteína e o segundo a sequência genética.

Estas amostras serão analisadas internamente até não ser mais possível analisá-las ou o código genético ter cido decifrado.

Como descobrir um código genético de um amino ácido?

Considere a seguinte proteína: MSIQHMR.

Cada letra dessa proteína representa um amino ácido.

Cada amino ácido possui um códon.

Cada codón só pode conter 3 nucleótides.

Um nucleótide é representado pelas letras {A, C, T, G}.

Perceba esse resumo na tabéla abaixo:

               col

      | M | S | I | Q | H | M | R |   TODAS AS LETRAS FORMAM A PROTEÍNA.
Lin   |att|gct|agc|aat|gct|agc|aat|   CADA LETRA TEM O SEU CODÓN.

Lembrando que cada amino ácido só pode conter 3 letras (nucleótides) no seu código genético.

Vamos então decifrar o código genético dos nossos amino ácidos MSIQHMR.

Essa é a nossa sequência genética: attgctagcaatgctagcaattgctagcaattcat.

Processos:

• 1º Verificar se temos dois ou mais amino ácidos com codóns iguais.
• 2º Caso o 1º processo dê positivo, avançamos um nucleótide na sequência genética.
• 3º Repetimos os processos 1 e 2 até não termos amino ácidos com codóns iguais ou a sequência genética acabar.

Na prática:

att	gct	agc	aat	gct	agc	aat	tgc	tag	caa	ttc	at
M	S	I	Q	H	M	R

Observe que no caso acima S e H são iguais (têm os mesmos codóns), então tentamos novamente avançando uma letra:

a	ttg	cta	gca	atg	cta	gca	att	gct	agc	aat	tca	t
	M	S	I	Q	H	M	R

Observe que no caso acima S e H são iguais, então tentamos novamente avançando mais uma letra:

at	tgc	tag	caa	tgc	tag	caa	ttg	cta	gca	att	cat
	M	S	I	Q	H	M	R

Observe que no caso acima MS e QH são iguais, então, fazendo o mesmo processo várias e várias vezes, na 10ª tentativa chegamos a esta sequência:

a	ttg	cta	gca	atg	cta	gca	att	gct	agc	aat	tca	t
				M	S	I	Q	H	M	R

Neste caso não temos proteínas com codóns iguais, certo? Todos codóns são diferentes. Isso significa que atgctagcaattgctagcaat é o nosso código genético decifrado.

Difícil e chato né??? Mas é o processo de decifrar um código genético e é o mesmo processo de biologia computacional que o GeneDecypher executa.

Esta versão foi escrita e testada em ambiente Linux. Se procura uma versão que funcione em ambientes Windows e seja compatível com DevC++, veja.