Commands

yarn start

Runs the app in the development mode.
Open http://localhost:3000 to view it in the browser.

The page will reload if you make edits.
You will also see any lint errors in the console.

yarn build

Builds the app for production to the build folder.
It correctly bundles React in production mode and optimizes the build for the best performance.

The build is minified and the filenames include the hashes.
Your app is ready to be deployed!

See the section about deployment for more information.

Algorytm

1. Wprowadzenie sekwencji

• Maksymalnie 10 sekwencji
• Maksymalnie 20 znaków alfanumerycznych (uppercase)
• Wymagane żeby wszystkie sekwencje były tej samej długości - jeżeli nie będą dogeneruj znaki na końcu któtszych sekwencji (o znaki już wcześniej wprowadzone w sekwencjach) [dowiedziec sie czy mozna przeprowadzac ten algorytm z roznymi dlugosciami sekwencji]
• Sekwencje przechowywane po prostu jako string
• Możliwość losowego generowania sekwencji - generować taki zbiór sekwencji w której to tylko niektóre pozycje będą informatywne (max 5)
• Możliwość usuwania wprowadzonych sekwencji
• Możliwość edycji wprowadzonych edycji
• Na wyjściu tego kroku otrzymujemy tablicę sekwencji typu string

2. Generowanie drzewa filogenetycznego

• Na podstawie tablicy sekwencji sprawdzamy ktore pozycje sa informatywne (nieinformatywne wtedy gdy wszyskie znaki na danej pozycji sa takie same lub tylko w jednej sekwencji jest inaczej)
• Tworzona jest lista obiektow typu: {sekwencja: string, informatywne: string}
• Przy badaniu topologii sprawdzamy tylko pozycje informatynwe
• Wyszukiwanie mozliwych topologii za pomoca algorytmu "gałęzi i granic" albo jakiegos wlasnego uproszczonego
• struktura drzewa: {sekwencja: string, informatywne: string, parent: object, leftChild: object, rightChild: object}
• Zliczanie substytucji w zbadanych topologiach drzew (bez pozycji nieinformatywnych) - zeby wyznaczyc najlepsza topologie
• Przy wyswietlaniu drzewa wyswietlac na galeziach wystapione zmiany (razem z nieinformatywnymi)

3. Macierz podstawien

• wyswietlnic symetryczna tablice substytucji
• zliczyc liczbe wystapien dla wszystkich znakow (i wyswietlic)
• zliczyc liczbe wszystkich znakow w sekwencjach (i wyswietlic)
• wyliczyc prawdopodobienstwo wystapienia danego znaku (i wyswietlic)
• struktura macierzy: {kolejnoscZnakow: string, wartosci: Array<Array<number>>}

4. Niesymetryczna Macierz podstawien

• przerobic macierz podstawien z poprzedniego kroku tak zeby uwzglednialo prawdopodbienstwo danego znaku / substytucji

5. Niezlogarytmowana Macierz PAM

• wyliczyc niezlogarytmowana macierz PAM i przerobic macierz z poprzedniego kroku

6. Macierz PAM

• zlogarytmowac niezlogarytmowana macierz PAM => PAM1
• pokolorowac komorki macierzy PAM ze wzgledu na wartosc

7. Ekstrapolacja Macierzy PAM

• wyswietlenie macierzy PAM o wyzszych odleglosciach ewolucyjnych (klikajac strzalke do przodu, lub do tylu zeby powrocic do nizsze odleglosci ewolucyjnej)