まず git clone https://github.com/BILAB/psico.git などで中のpsicoディレクトリをダウンロードしたあと、これについてのPATHをPyMOL側から通しておきます。例えば~/appsにpsicoディレクトリを置いた場合は、ホームディレクトリ以下に~/.pymolrcを作成して
# ~/appsはpsicoディレクトリの場所に合わせる
sys.path.append(os.path.expanduser('~/apps'))
import psico.fullinit
としておきます。この状態でPyMOLを立ち上げれば、contactmapを始めとしたpsicoの中のプラグインに由来する追加コマンドが使えるようになっているはずです。
DSSPによる二次構造判定の結果をPyMOLで表示させるためのプラグインです。editing.pyの中に関数が定義されています。
PyMOLの窓にhelp dsspとすると、使い方が表示されます。
def dssp(selection='(all)', exe='', raw='custom', state=-1, quiet=1, color=1):
'''
DESCRIPTION
Secondary structure assignment with DSSP.
http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/
ARGUMENTS
selection = string: atom selection {default: all}
exe = string: name of dssp executable {default: mkdssp}
raw = string: atom property to load raw dssp class into {default: 'custom'}
color = string: color in response to secondary structure {default: 1/ON}
使い方の例はdssp <objectname>, color=0みたいな感じ。color=1またはデフォルトでは、二次構造によって自動的に色付けを変更します。
使用にあたってはmkdsspコマンドがインストールされていることが条件です。mkdsspコマンドは、macOSの場合、
brew install brewsci/bio/xssp
でインストールできます(最近DSSPはxsspパッケージに統合されました)。CentOSの場合は
yum install dssp
でいけます。もしmkdsspをこれら以外の方法で/usr/bin/または/usr/local/bin以外のPATHにインストールした場合には、引数exeの部分にPATHを設定してあげてください。
PyMOLでMDシミュレーションを眺めながら、「この原子とこの原子の間に距離拘束をかけたいな〜。でも、いちいち原子のIDを調べてポチポチ手入力するの面倒なんだよなあ。入力ミスも多いし、なんとかならないかな〜？」
そんなあなたにこのget_raw_distancesコマンドがおすすめ（querying.pyの中に関数定義してあります）！使い方は、まずCtrl+ホイールクリックを使って、distanceオブジェクトを生成した後、PyMOLの画面から
get_raw_distances dist01, amber=1(, gro=1)
のコマンドを入力すれば、dist01オブジェクトで結んだ2点間の距離拘束命令を書き出してくれます！
PyMOL>get_raw_distances dist01, amber=1
get_raw_distances: (('1alkA', '100', 'THR', 'O', 735), ('1alkA', '412', 'HIS', 'ND1', 3027), 2.8963856608242353)
# 100THR O - 412HIS ND1
&rst
iat=735, 3027,
r1=0, r2=0.5,
r3=2.90, r4=8,
rk2=2.0, rk3=2.0,
/
PyMOL>get_raw_distances dist01, gro=1
get_raw_distances: (('1alkA', '100', 'THR', 'O', 735), ('1alkA', '412', 'HIS', 'ND1', 3027), 2.8963856608242353)
735 3027 10 0.00 0.290 0.800 1673 ; 100THR O - 412HIS ND1 2kcal/mol/A2
AMBERの距離拘束を書き出したいときはamber=1を、GROMACSの距離拘束を書き出したいときはgro=1を、それぞれ指定します。詳しい使い方はhelp get_raw_distancesコマンドを参照。オブジェクト名の指定を省略すれば、全distanceオブジェクトを対象に一気に表示してくれます。
PyMOLの窓にhelp contactmapとすると、使い方が表示されます。
PyMOL>help contactmap
DESCRIPTION
visualize the results from map_align algorithm in PyMOL.
https://github.com/sokrypton/map_align
ARGUMENTS
selection = string: atom selection {default: all}
chain = string: chain ID you want to map {default: ''}
align = string: name of map_align result txt file {default: 'hmmrenumbered.map'}
pcut = float: probability cutoff to display {default: 0.999}
offset = int: slide the sequence number to fit its original number manually {default: 0}
EXAMPLE
contactmap 5dir, A, /path/to/hmmrenumbered.map, offset=-7
contactmap <object name>, <chain ID>とし、適切にnewmap.txtのパスを入れてやると動きます。pcutは表示させるときのProbabilityのカットオフ値です（Probabilityの低いものまで全部表示させていると大変なので）。offsetは、PDBの番号とFASTAのナンバリングが合わない時にのみ、適当な整数値を与えてやってください。以下の図はPDB: 5DIRでやったときの図です。PDBのナンバリングととquery.faの残基数は7ずれていたため、offset=-7にしてあります。
こうしてみると、だいたいのCβ-Cβ距離は6~8 Å以内にあることがわかります。