Skip to content

Add function create_la_wmo_boxes_file and automatically create outpu directories if they do not exist already #14

New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Closed
delphinedobler wants to merge 3 commits into from
Closed

Add function create_la_wmo_boxes_file and automatically create outpu directories if they do not exist already #14

Show file tree
Hide file tree
Changes from all commits
Commits
Show all changes
3 commits
Select commit Hold shift + click to select a range
69d0e0d
Create create_la_wmo_boxes_file.m
delphinedobler Aug 1, 2024
5bb39d0
DD (2024-08-01) 1
delphinedobler Aug 1, 2024
74cbc0e
DD (2024-08-01) - 2
delphinedobler Aug 1, 2024
File filter

Filter by extension

Filter by extension
Conversations
Failed to load comments.
Loading
Jump to
Jump to file
Failed to load files.
Loading
Diff view
Diff view
111 changes: 111 additions & 0 deletions matlab_codes/create_la_wmo_boxes_file.m
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,111 @@
function create_la_wmo_boxes_file( po_system_configuration )

% function create_la_wmo_boxes_file( po_system_configuration )
%
% Delphine Dobler, August 2024

clim_ctd_=strcat(po_system_configuration.HISTORICAL_DIRECTORY,po_system_configuration.HISTORICAL_CTD_PREFIX);
clim_argo_=strcat(po_system_configuration.HISTORICAL_DIRECTORY,po_system_configuration.HISTORICAL_ARGO_PREFIX);
clim_bottle_=strcat(po_system_configuration.HISTORICAL_DIRECTORY,po_system_configuration.HISTORICAL_BOTTLE_PREFIX);
la_wmo_boxes_file=strcat( po_system_configuration.CONFIG_DIRECTORY, po_system_configuration.CONFIG_WMO_BOXES);

la_wmo_boxes=zeros(648,4);
la_wmo_boxes(:,1)=[1800;1700;1600;1500;1400;1300;1200;1100;1000;3000;3100;...
3200;3300;3400;3500;3600;3700;3800;1801;1701;1601;1501;...
1401;1301;1201;1101;1001;3001;3101;3201;3301;3401;3501;...
3601;3701;3801;1802;1702;1602;1502;1402;1302;1202;1102;...
1002;3002;3102;3202;3302;3402;3502;3602;3702;3802;1803;...
1703;1603;1503;1403;1303;1203;1103;1003;3003;3103;3203;...
3303;3403;3503;3603;3703;3803;1804;1704;1604;1504;1404;...
1304;1204;1104;1004;3004;3104;3204;3304;3404;3504;3604;...
3704;3804;1805;1705;1605;1505;1405;1305;1205;1105;1005;...
3005;3105;3205;3305;3405;3505;3605;3705;3805;1806;1706;...
1606;1506;1406;1306;1206;1106;1006;3006;3106;3206;3306;...
3406;3506;3606;3706;3806;1807;1707;1607;1507;1407;1307;...
1207;1107;1007;3007;3107;3207;3307;3407;3507;3607;3707;...
3807;1808;1708;1608;1508;1408;1308;1208;1108;1008;3008;...
3108;3208;3308;3408;3508;3608;3708;3808;1809;1709;1609;...
1509;1409;1309;1209;1109;1009;3009;3109;3209;3309;3409;...
3509;3609;3709;3809;1810;1710;1610;1510;1410;1310;1210;...
1110;1010;3010;3110;3210;3310;3410;3510;3610;3710;3810;...
1811;1711;1611;1511;1411;1311;1211;1111;1011;3011;3111;...
3211;3311;3411;3511;3611;3711;3811;1812;1712;1612;1512;...
1412;1312;1212;1112;1012;3012;3112;3212;3312;3412;3512;...
3612;3712;3812;1813;1713;1613;1513;1413;1313;1213;1113;...
1013;3013;3113;3213;3313;3413;3513;3613;3713;3813;1814;...
1714;1614;1514;1414;1314;1214;1114;1014;3014;3114;3214;...
3314;3414;3514;3614;3714;3814;1815;1715;1615;1515;1415;...
1315;1215;1115;1015;3015;3115;3215;3315;3415;3515;3615;...
3715;3815;1816;1716;1616;1516;1416;1316;1216;1116;1016;...
3016;3116;3216;3316;3416;3516;3616;3716;3816;1817;1717;...
1617;1517;1417;1317;1217;1117;1017;3017;3117;3217;3317;...
3417;3517;3617;3717;3817;7817;7717;7617;7517;7417;7317;...
7217;7117;7017;5017;5117;5217;5317;5417;5517;5617;5717;...
5817;7816;7716;7616;7516;7416;7316;7216;7116;7016;5016;...
5116;5216;5316;5416;5516;5616;5716;5816;7815;7715;7615;...
7515;7415;7315;7215;7115;7015;5015;5115;5215;5315;5415;...
5515;5615;5715;5815;7814;7714;7614;7514;7414;7314;7214;...
7114;7014;5014;5114;5214;5314;5414;5514;5614;5714;5814;...
7813;7713;7613;7513;7413;7313;7213;7113;7013;5013;5113;...
5213;5313;5413;5513;5613;5713;5813;7812;7712;7612;7512;...
7412;7312;7212;7112;7012;5012;5112;5212;5312;5412;5512;...
5612;5712;5812;7811;7711;7611;7511;7411;7311;7211;7111;...
7011;5011;5111;5211;5311;5411;5511;5611;5711;5811;7810;...
7710;7610;7510;7410;7310;7210;7110;7010;5010;5110;5210;...
5310;5410;5510;5610;5710;5810;7809;7709;7609;7509;7409;...
7309;7209;7109;7009;5009;5109;5209;5309;5409;5509;5609;...
5709;5809;7808;7708;7608;7508;7408;7308;7208;7108;7008;...
5008;5108;5208;5308;5408;5508;5608;5708;5808;7807;7707;...
7607;7507;7407;7307;7207;7107;7007;5007;5107;5207;5307;...
5407;5507;5607;5707;5807;7806;7706;7606;7506;7406;7306;...
7206;7106;7006;5006;5106;5206;5306;5406;5506;5606;5706;...
5806;7805;7705;7605;7505;7405;7305;7205;7105;7005;5005;...
5105;5205;5305;5405;5505;5605;5705;5805;7804;7704;7604;...
7504;7404;7304;7204;7104;7004;5004;5104;5204;5304;5404;...
5504;5604;5704;5804;7803;7703;7603;7503;7403;7303;7203;...
7103;7003;5003;5103;5203;5303;5403;5503;5603;5703;5803;...
7802;7702;7602;7502;7402;7302;7202;7102;7002;5002;5102;...
5202;5302;5402;5502;5602;5702;5802;7801;7701;7601;7501;...
7401;7301;7201;7101;7001;5001;5101;5201;5301;5401;5501;...
5601;5701;5801;7800;7700;7600;7500;7400;7300;7200;7100;...
7000;5000;5100;5200;5300;5400;5500;5600;5700;5800];

for i_hist_type=2:4
if i_hist_type==2
clim_dir=clim_ctd_;
clim_type="ctd_";
prefix=po_system_configuration.HISTORICAL_CTD_PREFIX;
end
if i_hist_type==4
clim_dir=clim_argo_;
clim_type="argo_";
prefix=po_system_configuration.HISTORICAL_ARGO_PREFIX;
end
if i_hist_type==3
clim_dir=clim_bottle_;
clim_type="bot_";
prefix=po_system_configuration.HISTORICAL_BOTTLE_PREFIX;
end

prefix_str=split(prefix,"/");
clim_dir=strcat(po_system_configuration.HISTORICAL_DIRECTORY,strjoin(prefix_str(1:end-1),"/"));

listing=dir(clim_dir);
n_files=size(listing,1);
for ifile=1:n_files
l_name=listing(ifile).name;
if strlength(l_name) < strlength(clim_type)
continue
end
if l_name(1:strlength(clim_type))== clim_type
box_no=strrep(l_name,clim_type,'');
box_no=strrep(box_no,'.mat','');
box_no=str2double(box_no);
i_box=(la_wmo_boxes(:,1)==box_no);
la_wmo_boxes(i_box,i_hist_type)=1;
end

end
end

save(la_wmo_boxes_file,'la_wmo_boxes')
9 changes: 9 additions & 0 deletions matlab_codes/plot_diagnostics_ow.m
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -4,12 +4,21 @@ function plot_diagnostics_ow( pn_float_dir, pn_float_name, po_system_configurati
%
% Annie Wong, 14 June 2011
% Breck Owens, October 2006
%
% Delphine Dobler (DD), August 2024:
% 2 - create output directory if they do not exist already

%--------------------------------------------------------------------------

%pn_float_dir='uw/';
%pn_float_name='R5902134';
%po_system_configuration = load_configuration( 'ow_config.txt' );

outdir=[ po_system_configuration.FLOAT_PLOTS_DIRECTORY pn_float_dir ];
if not(isfolder(outdir))
mkdir(outdir)
end


close all

Expand Down
10 changes: 9 additions & 1 deletion matlab_codes/set_calseries.m
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -6,8 +6,16 @@ function set_calseries( pn_float_dir, pn_float_name, po_system_configuration )
%
% Annie Wong, September 2008
% Breck Owens, October 2006
%
%
% Delphine Dobler (DD), August 2024:
% 2 - create output directory if they do not exist already


% DD (2024/08-2)
outdir=[ po_system_configuration.FLOAT_CALIB_DIRECTORY pn_float_dir ];
if not(isfolder(outdir))
mkdir(outdir)
end

% load data ---

Expand Down
18 changes: 16 additions & 2 deletions matlab_codes/update_salinity_mapping.m
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -20,6 +20,16 @@ function update_salinity_mapping( pn_float_dir, pn_float_name, po_system_configu
% Annie Wong, June 2020: rename "scale_age" to "scale_age_small", and create "scale_age_large" with NaN for old OW mapped profiles.
% This is to make the temporal scale variable names consistent with the lat/long scale variable names in OWC.
%
% Delphine Dobler (DD), August 2024:
% 1 - Auto-create la_wmo_boxes from climatological repositores when la_wmo_boxes does not exist
% 2 - create output directory if they do not exist already
%

% DD (2024/08-2)
outdir=[ po_system_configuration.FLOAT_MAPPED_DIRECTORY pn_float_dir ];
if not(isfolder(outdir))
mkdir(outdir)
end

% load float source data ----------------------------------------

Expand All @@ -31,8 +41,12 @@ function update_salinity_mapping( pn_float_dir, pn_float_name, po_system_configu


% load mapping parameters -------

load( strcat( po_system_configuration.CONFIG_DIRECTORY, po_system_configuration.CONFIG_WMO_BOXES ), 'la_wmo_boxes' ) ;
% DD : 2024/08-1
la_wmo_boxes_file=strcat( po_system_configuration.CONFIG_DIRECTORY, po_system_configuration.CONFIG_WMO_BOXES);
if ~exist(la_wmo_boxes_file)
create_la_wmo_boxes_file(po_system_configuration)
end
load( la_wmo_boxes_file, 'la_wmo_boxes' ) ;

ln_max_casts = str2num( po_system_configuration.CONFIG_MAX_CASTS ) ;
map_use_pv = str2num( po_system_configuration.MAP_USE_PV );
Expand Down