附录中的术语表 (glossaries) 导致参考文献编号均为 0

[ekaradon-Alexander]

编译环境

编译的系统：overleaf
TeX 发行版：TeX Live 2023
模板版本：v7.4.0
模板类型：doctor（使用缺省值）

p.s. 在 macOS 13.5.2 上使用 latexmk 编译也存在此问题，并且下面的「其它尝试」对于 latexmk 也适用。

描述问题

截图：

复现上述问题的代码：

\documentclass{thuthesis}

\usepackage[utf8]{inputenc}

\usepackage{filecontents}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{glossaries}

\usepackage[style=thuthesis-numeric]{biblatex} 
% \usepackage[style=thuthesis-author-year]{biblatex} 


\begin{filecontents}{ref.bib}
@book{newton1687,
    author =    {Isaac Newton},
    title =     {The Mathematical Principles of Natural Philosophy},
    year =      {1687},
}
\end{filecontents}
\addbibresource{ref.bib}

\makeglossaries
\newglossaryentry{牛顿运动定律}
{
    name        = {牛顿运动定律},
    description = {Newton's laws of motion},
}

\begin{document}

\maketitle

\mainmatter
\chapter{引言}

牛顿~\cite{newton1687} 于 1687 发表了著名的\gls{牛顿运动定律}。

\printbibliography

\appendix
\printglossary

\end{document}

其它尝试

首先使用 \usepackage[style=thuthesis-author-year]{biblatex} 编译一次，再使用 \usepackage[style=thuthesis-numeric]{biblatex} 编译一次，可以得到正确的参考文献编号。

[zepinglee]

我能复现这个问题。

主要原因是在于 defernumbers 选项，这是为了实现 #837 的功能，但目前还没搞懂为何跟 glossaries 不兼容。感觉需要分析底层命令，比较复杂。

thuthesis/thuthesis.dtx

Line 6121 in 8a354c7

\PassOptionsToPackage{defernumbers = true}{biblatex}

如果你的附录中没有引用的话，可以先注释掉这一行。

p.s. 在 macOS 13.5.2 上使用 latexmk 编译也存在此问题

另外提一下，在本地使用 latexmk 编译需要修改配置文件。

thuthesis/latexmkrc

Line 13 in 8a354c7

$makeindex = "makeindex -s gind.ist %O -o %D %S";

这里是为了编译文档（.dtx）设置的，需要替换为示例 texmf-dist/doc/support/latexmk/example_rcfiles/glossaries_latexmkrc 的配置。

add_cus_dep( 'acn', 'acr', 0, 'makeglossaries' );
add_cus_dep( 'glo', 'gls', 0, 'makeglossaries' );
$clean_ext .= " acr acn alg glo gls glg";

sub makeglossaries {
    my ($base_name, $path) = fileparse( $_[0] );
    my @args = ( "-q", "-d", $path, $base_name );
    if ($silent) { unshift @args, "-q"; }
    return system "makeglossaries", "-d", $path, $base_name;
}