Update 23S rRNA ARIBA information

sanger-pathogens · Apr 4, 2024 · f786fb4 · f786fb4
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diff --git a/data/ariba_metadata.tsv b/data/ariba_metadata.tsv
@@ -79,10 +79,6 @@ vanG_KF704242	1	0	.	.	VAN
 otrA_X53401	1	0	.	.	TET
 vanA_M97297	1	0	.	.	TET
 vanC_AF162694	1	0	.	.	TET
-23S_NZ_CP018347	0	1	A2114G	.	ERY
-23S_NZ_CP018347	0	1	A2115G	.	ERY
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-23S_NZ_CP018347	0	1	C2630A	.	ERY
-23S_NZ_CP018347	0	1	C2630G	.	ERY
+23S_NR_076173	0	1	A2061G	.	ERY
 rrgA_EF560637	1	0	.	.	PILI1
 pitB_GU256423	1	0	.	.	PILI2
diff --git a/data/ariba_ref_sequences.fasta b/data/ariba_ref_sequences.fasta
@@ -799,44 +799,49 @@ GGTTTTTTTGATTTTGAAGAGAAATACCAATTAATCAGCGCCACGATCACTGTCCCAGCACCATTGCCTCTCGCGCTTGA
 AAGGAGCAGGCACAGCTGCTTTATCGAAACTTGGGATTGACGGGTCTGGCTCGAATCGATTTTTTCGTCACCAATCAAGGAGCGATTTAT
 TTAAACGAAATCAACACCATGCCGGGATTTACTGGGCACTCCCGCTACCCAGCTATGATGGCGGAAGTCGGGTTATCCTACGAAATATTA
 GTAGAGCAATTGATTGCACTGGCAGAGGAGGACAAACGATGA
->23S_NZ_CP018347
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-atctctcagggctcttactgatatataatcatgggaaatctcatcttgaggtgggtttcacacttagatgctttcagcgt
-ttatcccttccctacatagctacccagcgatgcctttggcaagacaactggtacaccagcggtaagtccactctggtcct
-ctcgtactaggagcagatcctctcaaatttcctacgcccgcgacggatagggaccgaactgtctcacgacgttctgaacc
-cagctcgcgtgccgctttaatgggcgaacagcccaacccttgggaccgactacagccccaggatgcgacgagccgacatc
-gaggtgccaaacctccccgtcgatgtgaactcttgggggagataagcctgttatccccagggtagcttttatccgttgag
-cgatggcccttccatacggaaccaccggatcactaagcccgactttcgtccctgctcgagttgtagctctcgcagtcaag
-ctcccttatacctttacactctgcgaatgatttccaaccattctgagggaacctttgggcgcctccgttaccttttagga
-ggcgaccgccccagtcaaactgcccgtcagacactgtctccgatagggatcacctatctgggttagagtggccataacac
-aagggtagtatcccaacagcgtctccttcgaaactggcgtcccgatctcttagactcctacctatcctgtacatgtggta
-cagacactcaatatcaaactgcagtaaagctccatggggtctttccgtcctgtcgcgggtaacctgcatcttcacaggta
-ctaaaatttcaccgagtctctcgttgagacagtgcccaaatcattacgcctttcgtgcgggtcggaacttacccgacaag
-gaatttcgctaccttaggaccgttatagttacggccgccgtttactggggcttcaattcataccttcgcttacgctaagc
-actcctcttaaccttccagcaccgggcaggcgtcaccccctatacatcatcttacgatttagcagagagctgtgtttttg
-ataaacagttgcttgggcctattcactgcggctgacctaaagtcagcaccccttctcccgaagttacggggtcattttgc
-cgagttccttaacgagagttctctcgctcacctgaggctactcgcctcgactacctgtgtcggtttgcggtacgggtaga
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-cctactgcgtccctccatcactacatactctagtacaggaatatcaacctgttgtccatcggatacacctttcggtctct
-ccttaggtcccgactaacccagggcggacgagccttcccctggaaaccttagtcttacggtggacaggattctcacctgt
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-gactagtgagctattacgcactctttgaatgaatagctgcttctaagctaacatcctagttgtctgtgcaaccccacatc
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-ttccctacggctccgtctcttcaacttaacctcgcatcataacgtaactcgccggttcattctacaaaaggcacgctctc
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-atcatcgcttacttacagctacccaaggtatatcgtcgtttgtcacgtccttcgtcggctcctagtgccaaggcatccac
-cgtgcgcccttattaacttaacct
+>23S_NR_076173
+GGTTAAGTTAATAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGGAGCCGACGAAGGACGTGACAAACGACG
+ATATGCCTTGGGTAGCTGTAAGTAAGCGATGATCCAGGGATTTCCGAATGGGGGAACCCAACAGGTAATA
+CCTGTTACCCACATCTGTTAAGGATGTGAGGAGGAAGACGCAGTGAACTGAAACATCTAAGTAGCTGCAG
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+GAGGTTAAGTTGAAGAGACGGAGCCGTAGGGAAACCGAGTCTGAATAGGGCACCTTAGTATCATGACGTA
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+GGGCACGTTGAAAAGTGCTTGGATGACTTGTGGGTAGCGGAGAAATTCCAAACGAACTTGGAGATAGCTG
+GTTCTCTCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCGTCGACATTAGAGATTCTTGGAGGTAGAGCACTGTTTGGGT
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 >rrgA_EF560637
 ATGAAAAAAGTAAGAAAGATATTTCAGAAGGCAGTTGCAGGACTGTGCTGTATATCTCAGTTGACAGCTT
 TTTCTTCGATAGTTGCTTTAGCAGAAACGCCTGAAACCAGTCCAGCGATAGGAAAAGTAGTGATTAAGGA