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sanger-pathogens · Nov 14, 2024 · 0586c82 · 0586c82
1 parent 09c36e4
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diff --git a/data/ariba_metadata.tsv b/data/ariba_metadata.tsv
@@ -32,7 +32,7 @@ parE_AE007317	1	1	D435H	.	FQ
 parE_AE007317	1	1	D435N	.	FQ
 parE_AE007317	1	1	E474K	.	FQ
 parE_AE007317	1	1	P454S	.	FQ
-aph_3prime_III_1_M26832	1	0	.	.	KAN
+aph3primeIII_1_M26832	1	0	.	.	KAN
 rpoB_AE007317	1	1	D489E	.	RIF
 rpoB_AE007317	1	1	D489N	.	RIF
 rpoB_AE007317	1	1	H499N	.	RIF
@@ -59,10 +59,10 @@ tetM_MH283017	1	0	.	.	TET
 tetO_Y07780	1	0	.	.	TET
 tetS_FN555436	1	0	.	.	TET
 tetS_FN555436	1	0	.	.	TET
-tetS_M	1	0	.	.	TET
-tetS_M_AY534326	1	0	.	.	TET
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-tetS_M_MH283012	1	0	.	.	TET
+tetSM	1	0	.	.	TET
+tetSM_AY534326	1	0	.	.	TET
+tetSM_HM367711	1	0	.	.	TET
+tetSM_MH283012	1	0	.	.	TET
 tetT_L42544	1	0	.	.	TET
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diff --git a/data/ariba_ref_sequences.fasta b/data/ariba_ref_sequences.fasta
@@ -1,4 +1,4 @@
->aph_3prime_III_1_M26832
+>aph3primeIII_1_M26832
 ATGGCTAAAATGAGAATATCACCGGAATTGAAAAAACTGATCGAAAAATACCGCTGCGTAAAAGATACGGAAGGAATGTCTCCTGCTAAGGTATATAAGCTGGTGGGAGAAAATGAAAACCTATATTTAAAAATGACGGACAGCCGGTATAAAGGGACCACCTATGATGTGGAACGGGAAAAGGACATGATGCTATGGCTGGAAGGAAAGCTGCCTGTTCCAAAGGTCCTGCACTTTGAACGGCATGATGGCTGGAGCAATCTGCTCATGAGTGAGGCCGATGGCGTCCTTTGCTCGGAAGAGTATGAAGATGAACAAAGCCCTGAAAAGATTATCGAGCTGTATGCGGAGTGCATCAGGCTCTTTCACTCCATCGACATATCGGATTGTCCCTATACGAATAGCTTAGACAGCCGCTTAGCCGAATTGGATTACTTACTGAATAACGATCTGGCCGATGTGGATTGCGAAAACTGGGAAGAAGACACTCCATTTAAAGATCCGCGCGAGCTGTATGATTTTTTAAAGACGGAAAAGCCCGAAGAGGAACTTGTCTTTTCCCACGGCGACCTGGGAGACAGCAACATCTTTGTGAAAGATGGCAAAGTAAGTGGCTTTATTGATCTTGGGAGAAGCGGCAGGGCGGACAAGTGGTATGACATTGCCTTCTGCGTCCGGTCGATCAGGGAGGATATCGGGGAAGAACAGTATGTCGAGCTATTTTTTGACTTACTGGGGATCAAGCCTGATTGGGAGAAAATAAAATATTATATTTTACTGGATGAATTGTTTTAG
 >ermB_1_JN899585
 ATGAACAAAAATATAAAATATTCTCAAAACTTTTTAACGAGTGAAAAAGTACTCAACCAAATAATAAAACAATTGAATTTAAAAGAAACCGATACCGTTTACGAAATTGGAACAGGTAAAGGGCATTTAACGACGAAACTGGCTAAAATAAGTAAACAGGTAACGTCTATTGAATTAGACAGTCATCTATTCAACTTATCGTCAGAAAAATTAAAACTGAATACTCGTGTCACTTTAATTCACCAAGATATTCTACAGTTTCAATTCCCTAACAAACAGAGGTATAAAATTGTTGGGAATATTCCTTACCATTTAAGCACACAAATTATTAAAAAAGTGGTTTTTGAAAGCCATGCGTCTGACATCTATCTGATTGTTGAAGAAGGATTCTACAAGCGTACCTTGGATATTCACCGAACACTAGGGTTGCTCTTGCACACTCAAGTCTCGATTCAGCAATTGCTTAAGCTGCCAGCGGAATGCTTTCATCCTAAACCAAAAGTAAACAGTGTCTTAATAAAACTTACCCGCCATACCACAGATGTTCCAGATAAATATTGGAAGCTATATACGTACTTTGTTTCAAAATGGGTCAATCGAGAATATCGTCAACTGTTTACTAAAAATCAGTTTCATCAAGCAATGAAACACGCCAAAGTAAACAATTTAAGTACCGTTACTTATGAGCAAGTATTGTCTATTTTTAATAGTTATCTATTATTTAACGGGAGGAAATAA
@@ -42,7 +42,7 @@ ATGAAAATTATTAATATTGGAGTTTTAGCTCATGTTGATGCAGGAAAAACTACCTTAACAGAAAGCTTATTATATAACAG
 ATGAAAATTATTAATATTGGAGTTTTAGCTCATGTTGATGCAGGAAAAACTACCTTAACAGAAAGCTTATTATATAACAGTGGAGCGATTACAGAATTAGGAAGCGTGGACAAAGGTACAACGAGGACGGATAATACGCTTTTAGAACGTCAGAGAGGAATTACAATTCAGACAGGAATAACCTCTTTTCAGTGGGAAAATACGAAGGTGAACATCATAGACACGCCAGGACATATGGATTTCTTAGCAGAAGTATATCGTTCATTATCAGTTTTAGATGGGGCAATTCTACTGATTTCTGCAAAAGATGGCGTACAAGCACAAACTCGTATATTATTTCATGCACTTAGGAAAATGGGGATTCCCACAATCTTTTTTATCAATAAGATTGACCAAAATGGAATTGATTTATCAACGGTTTATCAGGATATTAAAGAGAAACTTTCTGCCGAAATTGTAATCAAACAGAAGGTAGAACTGTATCCTAATATGTGTGTGACGAACTTTACCGAATCTGAACAATGGGATACGGTAATAGAGGGAAACGATGACCTTTTAGAGAAATATATGTCCGGTAAATCATTAGAAGCATTGGAACTCGAACAAGAGGAAAGCATAAGATTTCAGAATTGTTCTCTGTTCCCTCTTTATCATGGAAGTGCAAAAAGTAATATAGGGATTGATAACCTTATAGAAGTTATTACTAATAAATTTTATTCATCAACACATCGAGGTCCGTCTGAACTTTGCGGAAATGTTTTCAAAATTGAATATACAAAAAAAAGACAACGTCTTGCATATATACGTCTTTATAGTGGAGTACTACATTTACGAGATTCGGTTAGAATATCGGAAAAGGAAAAAATAAAAATTACAGAAATGTATACTTCAATAAATGGTGAATTATGTAAAATCGATAAGGCTTATTCTGGAGAAATTGTTATTTTGCAAAATGAGTTTTTGAAGTTAAATAGTGTTCTTGGAGATACAAAACTATTGCCACAGAGAAAAAGAATTGAAAATCCGCACCCTCTACTACAAACAACTGTTGAACCGAGTAAACCTGAACAGAGAGAAATGTTGCTTGATGCCCTTTTGGAAATCTCAGATAGTGATCCGCTTCTACGATATTACGTGGATTCTACGACACATGAAATTATACTTTCTTTCTTAGGGAAAGTACAAATGGAAGTGATTAGTGCACTGTTGCAAGAAAAGTATCATGTGGAGATAGAACTAAAAGAGCCTACAGTCATTTATATGGAGAGACCGTTAAAAAATGCAGAATATACCATTCACATCGAAGTGCCGCCAAATCCTTTCTGGGCTTCCATTGGTTTATCTGTATCACCGCTTCCGTTGGGAAGTGGAATGCAGTATGAGAGCTCGGTTTCTCTTGGATACTTAAATCAATCATTTCAAAATGCAGTTATGGAAGGGATACGCTATGGTTGCGAACAAGGATTATATGGTTGGAATGTGACGGACTGTAAAATCTGTTTTAAGTATGGCTTATACTATAGCCCTGTTAGTACCCCAGCAGATTTTCGGATGCTTGCTCCTATTGTATTGGAACAAGTCTTAAAAAAAGCTGGAACAGAATTGTTAGAGCCATATCTTAGTTTTAAAATTTATGCGCCACAGGAATATCTTTCACGAGCATACAACGATGCTCCTAAATATTGTGCGAACATCGTAGACACTCAATTGAAAAATAATGAGGTCATTCTTAGTGGAGAAATCCCTGCTCGGTGTATTCAAGAATATCGTAGTGATTTAACTTTCTTTACAAATGGACGTAGTGTTTGTTTAACAGAGTTAAAAGGGTACCATGTTACTACCGGTGAACCTGTTTGCCAGCCCCGTCGTCCAAATAGTCGGATAGATAAAGTACGATATATGTTCAATAAAATAACTTAG
 >tetM_8_X04388
 ATGAAAATTATTAATATTGGAGTTTTAGCTCATGTTGATGCGGGAAAAACTACCTTAACAGAAAGCTTATTATATAACAGTGGAGCGATTACAGAATTAGGAAGCGTGGACAGAGGTACAACGAAAACGGATAATACGCTTTTAGAACGTCAGAGAGGAATTACAATTCAGACGGCGATAACCTCTTTTCAGTGGAAAAATACTAAGGTGAACATCATAGACACGCCAGGACATATGGATTTTTTAGCAGAAGTATATCGTTCATTATCAGTATTAGATGGGGCAATTCTACTGATTTCTGCAAAAGATGGCGTACAAGCACAAACTCGTATATTGTTTCATGCACTTAGGAAAATAGGTATTCCCACAATCTTTTTTATCAATAAGATTGACCAAAATGGAATTGATTTATCAACGGTTTATCAGGATATTAAAGAGAAACTTTCTGCGGAAATTGTAATCAAACAGAAGGTAGAACTGCATCCTAATATGCGTGTAATGAACTTTACCGAATCTGAACAATGGGATATGGTAATAGAAGGAAATGATTACCTTTTGGAGAAATATACGTCTGGGAAATTATTGGAAGCATTAGAACTCGAACAAGAGGAAAGCATAAGATTTCATAATTGTTCCCTGTTCCCTGTTTATCACGGAAGTGCAAAAAACAATATAGGGATTGATAACCTTATAGAAGTGATTACGAATAAATTTTATTCATCAACACATCGAGGTCAGTCTGAACTTTGCGGAAAAGTTTTCAAAATTGAGTATTCGGAAAAAAGACAGCGTCTTGCATATATACGTCTTTATAGTGGCGTACTGCATTTGCGAGATCCGGTTAGAATATCGGAAAAGGAAAAAATAAAAATTACAGAAATGTATACTTCAATAAATGGTGAATTATGTAAAATCGATAAGGCTTATTCCGGGGAAATTGTTATTTTGCAGAATGAGTTTTTGAAGTTAAATAGTGTTCTTGGAGATACAAAGCTATTGCCACAGAGAGAGAGAATTGAAAATCCCCTCCCTCTGCTGCAAACGACTGTTGAACCGAGCAAACCTCAACAAAGGGAAATGTTACTTGATGCACTTTTAGAAATCTCCGACAGTGACCCGCTTCTGCGATATTATGTGGATTCTGCGACACATGAAATCATACTTTCTTTCTTAGGGAAAGTACAAATGGAAGTGACTTGTGCTCTGCTGCAAGAAAAGTATCATGTGGAGATAGAAATAAAAGAGCCTACAGTCATTTATATGGAAAGACCGTTAAAAAAAGCAGAGTATACCATTCACATCGAAGTTCCACCGAATCCTTTCTGGGCTTCCATTGGTCTATCTGTAGCACCGCTTCCATTAGGGAGCGGAGTACAGTATGAGAGCTCGGTTTCTCTTGGATACTTAAATCAATCGTTTCAAAATGCAGTTATGGAGGGGATACGCTATGGCTGTGAACAAGGATTGTATGGTTGGAATGTGACGGACTGTAAAATCTGTTTTAAGTATGGCTTATACTATAGCCCTGTTAGTACCCCAGCAGATTTTCGGATGCTTGCTCCTATTGTATTGGAACAAGTCTTAAAAAAAGCTGGAACAGAATTGTTAGAGCCATATCTTAGTTTTAAAATTTATGCGCCACAGGAATATCTTTCACGAGCATACAACGATGCTCCTAAATATTGTGCGAACATCGTAGACACTCAATTGAAAAATAATGAGGTCATTCTTAGTGGAGAAATCCCTGCTCGGTGTATTCAAGAATATCGTAGTGATTTAACTTTCTTTACAAATGGACGTAGTGTTTGTTTAACAGAGTTAAAAGGGTACCATGTTACTACCGGTGAACCTGTTTGCCAGCCCCGTCGTCCAAATAGTCGGATAGATAAAGTACGATATATGTTCAATAAAATAACTTAG
->tetS_M
+>tetSM
 ATGGAGGAAATAAAATTGAAAATTATTAATATCGGTATCTTAGCACATGTTGATGCAGGAAAAACTACTTTGACAGAAAGCTTACTATACAGTAGCGGAGCAATTAAAGAGTTAGGAAGTGTAGATAGCGGTACAACGAAAACGGATACTATGTTTTTGGAACGCCAGAGAGGTATTACTATTCAGACCGCAATAACATCTTTTCAACGGGAAAATGTTAAAGTAAATATTGTAGATACTCCTGGACACATGGATTTTTTGGCAGATGTATACCGTTCATTATCTGTTTTGGATGGAGCTATTTTGCTAATCTCTGCAAAAGATGGAGTACAGTCACAAACTCGTATACTATTCCATGCACTTAGAAAGATGAACATACCTATAATATTTTTTATTAACAAAATTGATCAAAATGGAATAAATTTGCCAGATGTTTATCAAGATATTAAGGACAAACTTTCTGACGACATCATAATTAAGCAGACTGTGAATCTAAATTTGAAACCTTATGTAATAGATTATACTGAACCAGAACAATGGGAGACAGTAATTGTGGGAAATGATTATTTATTAGAAAAATATACCATTGGGAAAACATTGAATATTGCAGAACTTGAAAAGGAGGAAAACGAAAGAATTCAAAGTTGCTCCTTATATCCTGTTTATCACGGAAGTGCAAAGAATAATATTGGAATTAAACAACTTATAGAGGTAATTACTAGCAAATTATTTTCACCCACACAACTCAATTCAGATAAACTTTGTGGAAATGTTTTTAAAGTAGAATATTCAGATGATGGTCAACGGCTTGTCTATGTACGTCTTTATAGTGGAACGCTACATTTGCGAGACTCAGTCAATATATCAGAAAAGGAAAAAATAAAAGTTACAGAAATGTATACTTCAATAAATGGAGAATTACGCCAGATAGATAAGGCAGAGCCTGGTGAGATTATTATTTTAAAAAATGAGCTTTTAAAACTAAATAACGTACTTGGAGATAAAAAAAGATTACCACATAGAGAAATTCTTGAGAATCCTCTTCCTATGTTACAAACAACAATTGAACCATGTAAATCAGTACAAAGAGAAAAGTTACTAGATGCACTTTTTGAAATATCCGATAGTGATCCCCTTCTACAATATTATGTAGATACAGTAACTCACGAAATTGTGCTATCTTTTTTAGGTGAGGTCCAAATGGAGGTAACTTGTACTCTGATTCAAGAAAAATATCATATTGAGATAGAAACAAGAAAACCAACTGTCATTTATATGGAAAGACCATTAAAAAAATCTGAATTTACCATTGATATCGAAGTACCTCCAAATCCTTTCTGGGCTTCTATTGGTTTATCTGTAACACCACTTCCTTTGGGTAGTGGCATTCAGTATGAGAGCCTGGTTTCTCTAGGTTATTTAAATCAATCATTTCAAAATGCAGTTATGGAAGGTATACGCTATGGGTGTGAACAAGGATTGTACGGTTGGAAATTAACAGACTGTAAGATCTGTTTTAAGTATGGTCTATATTACAGCCCTGTCAGTACGCCAGCAGATTTCCGAATGCTTGCGCCTATTGTACTAGAGCAGGCTTTTAGAAAGAGTGGTACAGAGTTATTAGAGCCATATCTTAGCTTCGAAATTTATGTACCACAAGAATATCTTTCGAGAGCATATAATGATGCTTCCAAATATTGTGCAAATATTTTAAATACTAAGTTAAAAGGTAACGAGGTCATTCTCATTGGTGAAATTCCAGCCCGTTGTATTCAAGAGTATCAAAACAGTTTAACTTTCTTTACAAATGGACGCAGTGTCTGTTTAACAGAGTTAAAAGGGTACCATGTTACTACCGGTGAACCTGTTTGCCAGCCCCGTCGTCCAAATAGTCGGATAGATAAAGTACGATATATGTTCAATAAAATAACTTAG
 >tetO_Y07780
 ATGAAAATAATTAACTTAGGCATTCTGGCTCACGTTGACGCAGGAAAGACAACATTAACGGAGAGTTTAT
@@ -295,7 +295,7 @@ ATATACACTTAAATCTTCAAAGATATATATGCCTGCAAGGATTGATGCTGAAGCAGAAAAACGGATACAA
 GAAACGGCTGTAACTATATATAAAGCTCTGGGCTGTTCGGGTTTTTCCAGAGTGGATATGTTTTATACAC
 CGTCTGGCGAAATTGTATTTAATGAGGTAAACACAATACCAGGCTTTACCTCGCACAGTCGCTATCCAAA
 TATGATGAAAGGCATTGGTCTATCGTTCGCCCAAATGTTGGATAAGCTGATAGGTCTGTATGTGGAATGA
->tetS_M_MH283012
+>tetSM_MH283012
 TTGAAAATTATTAATATCGGTATCTTAGCACATGTTGATGCAGGAAAAACTACTTTGACAGAAAGCTTAC
 TATACAGTAGCGGAGCAATTAAAGAGTTAGGAAGTGTAGATAGCGGTACAACGAAAACGGATACTATGTT
 TTTGGAACGCCAGAGAGGTATTACTATTCAGACCGCAATAACATCTTTTCAACGGGAAAATGTTAAAGTA
@@ -686,7 +686,7 @@ GCCGCCGTGACGGCCCTGCTGGCCTCGCTGGGCGCGGACTTCACCGGAACGACGGGGGGCGACCCGGCCT
 GGATCGTCACCGGCGAGCTGCCGGCCCGGCGGGTGCGGGAGGCCGAGCTGCGGCTGCCGGGGCTGACGCA
 CGGGGAGGCGGTCTGGTCCTCCCGCCCTTGCGAGGACCGACCGCTGAAGGCCGGAAACTCTGGGCCTGGC
 ACGGGAGTTGGCGGGCATTCGGGTGAGTAG
->tetS_M_AY534326
+>tetSM_AY534326
 ATGGAGGAAATAAAATTGAAAATTATTAATATCGGTATCTTAGCACATGTTGATGCAGGAAAAACTACTT
 TGACAGAAAGCTTACTATACAGTAGCGGAGCAATTAAAGAGTTAGGAAGTGTAGATAGCGGTACAACGAA
 AACGGATACTATGTTTTTGGAACGCCAGAGAGGTATTACTATTCAGACCGCAATAACATCTTTTCAACGG
@@ -715,7 +715,7 @@ AATGATGCTTCCAAATATTGTGCAAATATTTTAAATACTAAGTTAAAAGGTAACGAGGTCATTCTCATTG
 GTGAAATCCCTGCTCGGTGTATTCAAGAATATCGTAGTGATTTAACTTTCTTTACAAATGGACGTAGTGT
 TTGTTTAACAGAGTTAAAAGGGTACCATGTTACTACCGGTGAACCTGTTTGCCAGCCCCGTCGTCCAAAT
 AGTCGGATAGATAAAGTACGATATATGTTCAATAAAATAACTTAG
->tetS_M_HM367711
+>tetSM_HM367711
 CTAAGTTATTTTATTGAACATATATCGTACTTTATCTATCCGACTATTTGGACGACGGGGCTGGCAAACA
 GGTTCACCGGTAGTAACATGGTACCCTTTTAACTCTGTTAAACAAACACTACGTCCATTTGTAAAGAAAG
 TTAAATCACTACGATATTCTTGAATACACCGATCAGGGATTTCTCCACTAAGAATGACCTCATTATTTTT