hw6-0516.Rmd

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title: "1928-1969間，小兒麻痺在美國各州的發生率變化"
output: github_document
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

#資料前處理

把資料讀進來
```{r}
polio<-read.csv("POLIO_Incidence.csv",stringsAsFactors = F)
head(polio)

```
## 

將寬表格轉成長表格

```{r}
#install.packages("reshape")
library(reshape)
polio.m<-melt(polio,id.vars = c('YEAR','WEEK'))
head(polio.m)
```
##

處理缺值

```{r}
polio.m[polio.m$value=="-",]$value<-NA #處理缺值,將"-"轉為NA
polio.m$value<-as.numeric(as.character(polio.m$value)) #將value欄位轉為數字
```
##

計算年度發生率

```{r}
polio.sumYear<- #各州各年度加總，計算該年度的總發生率
    aggregate(value~YEAR+variable,data=polio.m,FUN=sum,na.rm=F)
head(polio.sumYear)

```

#視覺化呈現
解釋選擇圖形種類：會選擇Heatmap的原因是他可以用以XY軸與方格顏色完整呈現三個維度(年份、各州、發生率)的變量中彼此的變化及相關性

程式碼：我以年份作為X軸的變量，而Y軸作為美國的所有洲的名稱，每個方格用來顯示依各年份及各州小兒麻痺的發生率的加總，並將小兒麻痺的發生率以白色至紫色由小到大顯示在每一個方格中，並且在1955年中畫出Y軸的虛線。

圖形呈現：
```{r}
#install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
ggplot(polio.sumYear, aes(YEAR, variable)) + #aes(x,y)
    geom_tile(aes(fill = value),colour = "white")+
  geom_vline(xintercept = 1955,colour="black", linetype = "longdash")+ #geom_tile: 區塊著色
    scale_fill_gradient(low = "white",high = "purple") #數值低：白色
```



圖形解釋：在Heatmap的圖形中為1928至1969年間小兒麻痺的發生率變化，我以年份作為X軸的變量，而Y軸作為美國的所有洲的名稱，每個方格用來顯示依各年份及各州小兒麻痺的發生率的加總，並將小兒麻痺的發生率以白色至紫色由小到大顯示在每一個方格中，可看出1930年後小兒麻痺發生率逐漸上升，至1950年左右到達了巔峰，而我在1955年中畫出Y軸的虛線，由此可看出1955年後(小兒麻痺疫苗出現)紫色方格變少表示小兒麻辦的發生率明顯驟減的趨勢，意即疫苗的出現成功降低小兒麻痺的發生率