run_vcftools.csh

#!/bin/csh

vcftools --vcf master2013_02_08_unfiltered_chr2.vcf --remove-indv GS000008137-ASM --remove-indv GS000008139-ASM --remove-indv GS000008140-ASM --remove-indv GS000008169-ASM --remove-indv GS000008171-ASM --remove-indv GS000008172-ASM --remove-indv GS000008173-ASM --remove-indv GS000008154-ASM --remove-indv GS000008157-ASM --remove-indv GS000008119-ASM --remove-indv GS000008239-ASM --remove-indv GS000013847-ASM --remove-indv GS000013156-ASM --remove-indv GS000014878-ASM --remove-indv GS000014872-ASM --remove-indv GS000014883-ASM --remove-indv GS000014935-ASM --remove-indv GS000015076-ASM --remove-indv GS000015077-ASM --remove-indv GS000015150-ASM --remove-indv GS000014945-ASM --remove-indv GS000015119-ASM --remove-indv GS000015103-ASM --remove-indv GS000015114-ASM --remove-indv GS000015236-ASM --remove-indv GS000015250-ASM --remove-indv GS000015253-ASM --remove-indv GS000015166-ASM --remove-indv GS000015145-ASM --remove-indv GS000015147-ASM --remove-indv GS000015504-ASM --remove-indv GS000014949-ASM --remove-indv GS000014953-ASM --remove-indv GS000016123-ASM --remove-indv GS000016124-ASM --remove-indv GS000016614-ASM --remove-indv GS000016425-ASM --remove-indv GS000016627-ASM --remove-indv GS000016639-ASM --remove-indv GS000016648-ASM --remove-indv GS000016326-ASM --remove-indv GS000015378-ASM --remove-indv GS000016642-ASM --remove-indv GS000017408-ASM --remove-indv GS000017719-ASM --remove-indv GS000017704-ASM --remove-indv GS000017701-ASM --remove-indv GS000017621-ASM --remove-indv GS000017683-ASM --remove-indv GS000017668-ASM --remove-indv GS000017667-ASM --freq