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davidouagne · web-flow · commit 3508f68a2f5f · 2025-03-26T20:43:42.000+01:00
relecture
diff --git a/input/fml/usages/core/StructureMap-CorePhysical2Business.fml b/input/fml/usages/core/StructureMap-CorePhysical2Business.fml
@@ -1,3 +1,4 @@
+/*
 map "https://aphp.fr/ig/fhir/dm/StructureMap/CorePhysical2Business" = "CorePhysical2Business"
 
 /// name = 'CorePhysical2Business'
diff --git a/input/fml/usages/core/StructureMap-CorePhysical2FHIR.fml b/input/fml/usages/core/StructureMap-CorePhysical2FHIR.fml
@@ -21,12 +21,16 @@ uses "http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Meta" alias FHIRMeta as target
 
 group dataSet(source srcDataSet : DataSet, target tgtBundle : FHIRBundle) <<types>> {
   srcDataSet -> tgtBundle.id = uuid() "setId";
-  srcDataSet.patient as srcPatient -> tgtBundle.entry as tgtEntry, tgtEntry.resource = create("Patient") as newPatient then {
+  srcDataSet -> tgtBundle.type = 'transaction' "setType";
+  srcDataSet.patient as srcPatient -> tgtBundle.entry as tgtPatientEntry, tgtPatientEntry.resource = create("Patient") as newPatient then {
     srcPatient then patient(srcPatient, newPatient) "setPatient";
-    srcDataSet.sejour as srcSejour -> tgtBundle.entry as tgtEntry, tgtEntry.resource = create("Encounter") as newEncounter then {
+    srcPatient then setEntryRequestAndFullUrl(newPatient,tgtPatientEntry) "setRequestAndFullUrl";
+    srcDataSet.sejour as srcSejour where patientNi.reference = ('PatientCore/' + %srcPatient.patientNi.toString()) -> tgtBundle.entry as tgtEncounterEntry, tgtEncounterEntry.resource = create("Encounter") as newEncounter then {
       srcSejour then encounter(srcSejour, newPatient, newEncounter) "setEncounter";
-      srcDataSet.biology as srcBiology where sejourNi.reference = ('SejourCore/' + %srcSejour.sejourNi.toString()) -> tgtBundle.entry as tgtEntry, tgtEntry.resource = create("Observation") as newObservation then {
-        srcBiology then observation(srcBiology, newPatient, newEncounter, newObservation) "setBiology";
+      srcSejour then setEntryRequestAndFullUrl(newEncounter,tgtEncounterEntry) "setRequestAndFullUrl";
+      srcDataSet.biology as srcBiology where sejourNi.reference = ('SejourCore/' + %srcSejour.sejourNi.toString()) -> tgtBundle.entry as tgtBiologyEntry, tgtBiologyEntry.resource = create("Observation") as newObservation then {
+        srcBiology then observationBiol(srcBiology, newPatient, newEncounter, newObservation) "setBiology";
+        srcBiology then setEntryRequestAndFullUrl(newObservation,tgtBiologyEntry) "setRequestAndFullUrl";
       } "createObservation";
     } "createEncounter";
   } "createPatient";
@@ -41,43 +45,47 @@ group patient(source srcPatient : PatientTable, target tgtPatient : FHIRPatient)
 }
 
 group setPatientMeta(source srcNi, target tgtMeta : FHIRMeta) {
-  srcNi -> tgtMeta.source = ('https://aphp.fr/fhir/Endpoint/dpi/PatientTable' + '/' + srcNi.toString()) "setSource";
+  srcNi -> tgtMeta.source = ('https://aphp.fr/fhir/Endpoint/dpi/PatientTable' + '/' + %srcNi.toString()) "setSource";
 }
 
 group setHumainName(source srcPatient : PatientTable, target tgtPatientName) {
   srcPatient -> tgtPatientName.use = c('http://hl7.org/fhir/name-use', 'usual') "setUse";
-  srcPatient -> tgtPatientName.text = (%srcPatient.firstName + ' ' + %srcPatient.name) "setText";
-  srcPatient.name as srcPatientName -> tgtPatientName.family = srcPatientName "setName";
-  srcPatient.firstName as srcPatientFirstName -> tgtPatientName.given = srcPatientFirstName "setFirstName";
-}
+//  srcPatient -> tgtPatientName.text = (%srcPatient.firstName + ' ' + %srcPatient.name) "setText";
+//  srcPatient.name as srcPatientName -> tgtPatientName.family = srcPatientName "setName";
+//  srcPatient.firstName as srcPatientFirstName -> tgtPatientName.given = srcPatientFirstName "setFirstName";
+// les trois lignes précédentes marchent dans matchbox mais génèrent une erreur au QA. La solution ci dessous marche dans matchbox et ne génère pas d'erreur au QA.
+srcPatient.name as srcPatientName -> tgtPatientName.family = srcPatientName then {
+  srcPatient.firstName as srcPatientFirstName -> tgtPatientName.given = srcPatientFirstName,
+    tgtPatientName.text = (%srcPatientFirstName + ' ' + %srcPatientName) "setFirstNameAndText";
+} "setName";}
 
 group encounter(source srcSejour : SejourTable, source srcPatient : FHIRPatient, target tgtEncounter : FHIREncounter) {
   srcSejour -> tgtEncounter.id = uuid() "setId";
   srcSejour.sejourNi as srcNi -> tgtEncounter.meta as tgtMeta then setEncounterMeta(srcNi, tgtMeta) "setMeta"; // copie la valeur du champ patientNi de la table Patient dans l'élément id de la ressource FHIR Patient
   srcSejour -> tgtEncounter.status = c('http://hl7.org/fhir/encounter-status', 'completed') "setStatus";
   srcSejour.sejourType as srcSejourType -> tgtEncounter.type = translate(srcSejourType, 'https://aphp.fr/ig/fhir/dm/ConceptMap/DpiEncounterType2SemanticLayerEncounterType', 'CodeableConcept') "setEncounterType";
   srcPatient.id as patientId -> tgtEncounter.subject = create("Reference") as newSubject then setSubjectReference(patientId, newSubject) "setSubjectReference"; 
-  srcSejour.patientNi "patientNi";// fk vers le patient
+  srcSejour.patientNi "patientNi";// fk vers le patient à conserver pour la construction auto du périmètre final
   srcSejour -> tgtEncounter.period = create("Period") as newActualPeriod then {
     srcSejour.sejourStart as srcPeriodStart -> newActualPeriod.start = srcPeriodStart "setStart";
     srcSejour.sejourEnd as srcPeriodEnd -> newActualPeriod.end = srcPeriodEnd "setEnd";
   } "setPeriod";
 }
 
 group setEncounterMeta(source srcNi, target tgtMeta : FHIRMeta) {
-  srcNi -> tgtMeta.source = ('https://aphp.fr/fhir/Endpoint/dpi/SejourTable' + '/' + srcNi.toString()) "setSource";
+  srcNi -> tgtMeta.source = ('https://aphp.fr/fhir/Endpoint/dpi/SejourTable' + '/' + %srcNi.toString()) "setSource";
 }
 
 group setSubjectReference(source srcPatientId , target newSubject) {
   srcPatientId -> newSubject.reference = ('Patient/' + %srcPatientId.toString()) "setReference";
 }
 
-group observation(source srcBiology : BiologyTable, source srcPatient : FHIRPatient, source srcEncounter : FHIREncounter, target tgtObservation : FHIRObservation) {
+group observationBiol(source srcBiology : BiologyTable, source srcPatient : FHIRPatient, source srcEncounter : FHIREncounter, target tgtObservation : FHIRObservation) {
   srcBiology -> tgtObservation.id = uuid() "setId";
   srcBiology.biologyNi as srcNi -> tgtObservation.meta as tgtMeta then setBiologyMeta(srcNi, tgtMeta) "setMeta";
   srcPatient.id as patientId -> tgtObservation.subject = create("Reference") as newSubject then setSubjectReference(patientId, newSubject) "setSubjectReference";
   srcEncounter.id as encounterId -> tgtObservation.encounter = create("Reference") as newEncounter then setEncounterReference(encounterId, newEncounter) "setEncounterReference";
-  srcBiology.biologyDate as biologyDate -> tgtObservation.effective = biologyDate "setDate";
+  srcBiology.biologyDatePrel as biologyDatePrel -> tgtObservation.effective = biologyDatePrel "setDate";
   srcBiology.biologyCode as biologyCode -> tgtObservation.code = cc('http://loinc.org', biologyCode) "setCode";
   srcBiology.biologyValue -> tgtObservation.value = create('Quantity') as tgtObsQuantity then {
     srcBiology.biologyValue as biologyValue -> tgtObsQuantity.value = biologyValue "setValue";
@@ -86,9 +94,18 @@ group observation(source srcBiology : BiologyTable, source srcPatient : FHIRPati
 }
 
 group setBiologyMeta(source srcNi, target tgtMeta : FHIRMeta) {
-  srcNi -> tgtMeta.source = ('https://aphp.fr/fhir/Endpoint/dpi/BiologyTable' + '/' + srcNi.toString()) "setSource";
+  srcNi -> tgtMeta.source = ('https://aphp.fr/fhir/Endpoint/dpi/BiologyTable' + '/' + %srcNi.toString()) "setSource";
 }
 
 group setEncounterReference(source srcEncounterId, target newEncounter) {
   srcEncounterId -> newEncounter.reference = ('Encounter/' + %srcEncounterId.toString()) "setReference";
 }
+
+group setEntryRequestAndFullUrl(source newRes, target tgtEntry) { 
+  newRes.id as newResId then {
+    newResId -> tgtEntry.fullUrl = (%newRes.type().name + '/' + %newResId) "setFullUrl";
+    newResId -> tgtEntry.request as tgtEntryRequest, 
+      tgtEntryRequest.method = 'POST',
+      tgtEntryRequest.url = (%newRes.type().name + '/' + %newResId) "setRequest" ;
+  } "setResourceType" ;
+}
diff --git a/input/fsh/applications/dpi/logicals/StructureDefinition-CoreBiology.fsh b/input/fsh/applications/dpi/logicals/StructureDefinition-CoreBiology.fsh
@@ -14,5 +14,8 @@ Table CORE.BIOLOGY (DDL)
 * biologyCode 0..1 string "null"
 * biologyValue 0..1 decimal "null"
 * biologyUnit 0..1 string "null"
-* biologyDate 0..1 date "null"
+* biologyDatePrel 0..1 date "null"
+* biologyDateEnr 0..1 date "null"
+* biologyDateValTech 0..1 date "null"
+* biologyDateValBiol 0..1 date "null"
 * sejourNi 1..1 Reference(CoreSejour) "null"
diff --git a/input/fsh/semantic-layer/codesystems/CodeSystem-FrClaimType.fsh b/input/fsh/semantic-layer/codesystems/CodeSystem-FrClaimType.fsh
@@ -9,5 +9,5 @@ Description: "Typage des claim en France, dans le cadre du PMSI"
 
 * #PMSIMCO "PMSI - MCO"
 * #PMSIHAD "PMSI - HAD"
-* #PMSISSR "PMSI - SSR"
+* #PMSISSR "PMSI - SMR" // anciennement PMSI SSR ?
 * #PMSIPSY "PMSI - PSY"
diff --git a/input/images-source/core-map.plantuml b/input/images-source/core-map.plantuml
@@ -26,7 +26,7 @@ entity CORE.SEJOUR {
 
 entity CORE.BIOLOGY {
   * {field} BIOLOGY_NI NUMBER (38, 0) NOT NULL
-  * {field} BIOLOGY_DATE DATE NULL
+  * {field} BIOLOGY_DATE_PREL DATE NULL
   * {field} BIOLOGY_CODE VARCHAR2 (50) NULL
   * {field} BIOLOGY_VALUE NUMBER (4, 2) NULL
   * {field} BIOLOGY_UNIT VARCHAR2 (10) NULL
diff --git a/input/images-source/core-mpd.plantuml b/input/images-source/core-mpd.plantuml
@@ -48,7 +48,10 @@ entity CORE.BIOLOGY {
   * {field} DATE_CREAT DATE NOT NULL
   * {field} DATE_MODIF DATE NOT NULL
   * {field} DATE_REMOVE DATE NULL
-  * {field} BIOLOGY_DATE DATE NULL
+  * {field} BIOLOGY_DATE_PREL DATE NULL
+  * {field} BIOLOGY_DATE_ENR DATE NULL
+  * {field} BIOLOGY_DATE_VAL_TECH DATE NULL
+  * {field} BIOLOGY_DATE_VAL_BIOL DATE NULL
   * {field} BIOLOGY_CODE VARCHAR2 (50) NULL
   * {field} BIOLOGY_VALUE NUMBER (4, 2) NULL
   * {field} BIOLOGY_UNIT VARCHAR2 (10) NULL
diff --git a/input/images-source/delivery-process.plantuml b/input/images-source/delivery-process.plantuml
@@ -0,0 +1,66 @@
+@startuml
+
+start
+    floating note
+        Some user need some 
+        data in the CDW
+    end note
+
+group Qualification
+    :Qualification;
+end group
+
+group Instruction
+    :Création du modèle métier; 
+        note right: en utilisant le FormBuilder
+    group Data discovery
+        :Identification et collecte des données;
+            floating note
+                Périmètre initial (Usage-Synchro
+                utilise des ddl pour représenter
+                la source)
+            end note
+        :Profilage et analyse des données;
+            floating note
+                - Data structure analysis;
+                - Column analysis;
+                - Relationship analysis;
+            end note
+        :Visualisation et exploration;
+        :Sécurisation et conformité;
+        group Gestion des données de référence
+            :Spécification de la génération des ressources terminologiques depuis les sources;
+            :Génération des ressources terminologiques;
+            :Intégration dans le Guide d'Implémentation;
+            :Enrichir le modèle métier avec les ressources terminologiques créées;
+        end group
+        :Alignement Source to Métier;
+            floating note
+                Périmètre final (Usage-Synchro
+                utilise la map pour restreindre
+                 le périmètre initial)
+            end note
+            note right: en utilisant le MapBuilder
+    end group
+    :Validation;
+    group Couche sémantique
+        :Élaboration des patrons de conception;
+        :Définition des bindings terminologiques;
+        :Élaboration des alignements sémantiques;
+        :Élaboration de l'alignement syntaxique;
+            note right: en utilisant le MapBuilder
+    end group
+end group
+
+:Réalisation;
+:Recette;
+:Mise en production;
+:Amélioration continue;
+
+stop
+    floating note
+        Requested data are 
+        integrated in CDW
+        with documentation
+    end note
+@enduml
diff --git a/input/pagecontent/dm-delivery-process.md b/input/pagecontent/dm-delivery-process.md
@@ -1,5 +1,7 @@
 Cette page décrit le processus de livraison de données faisant suite aux traitement d'un cas d'usage (expression de besoins).
 
+<div style="text-align: center;">{%include delivery-process.svg%}</div>
+
 ### Qualification
 
 La description du processus de "Qualification" est hors sujet pour le moment. Néanmoins, nous pouvons préciser que 
diff --git a/input/pagecontent/dm-instruction.md b/input/pagecontent/dm-instruction.md
@@ -2,7 +2,7 @@ Le processus d'instruction se compose de 5 étapes :
 
 #### Modèle métier
 
-À l'aide du [FormBuilder](), une ressource `Questionnaire` est produite en tenant compte des exigences.
+À l'aide du [FormBuilder](https://formbuilder-prod-ext-k8s.eds.aphp.fr/), une ressource `Questionnaire` est produite en tenant compte des exigences.
 
 #### Data discovery
 
@@ -62,8 +62,8 @@ point que le résultat peut provoquer l'abandon du cas d'usage.
 
 #### Conception de la couche sémantique
 
-À l'issue de la "Data Discovery" et une fois avoir apporter la preuve que le cas d'usage peut se faire, l'identification 
-des ressources FHIR est réalisé. En priorité, nous choisissons les ressources compatibles avec l'écosystème français 
+À l'issue de la "Data Discovery" et une fois avoir apporté la preuve que le cas d'usage peut se faire, l'identification 
+des ressources FHIR est réalisée. En priorité, nous choisissons les ressources compatibles avec l'écosystème français 
 (guides d'implémentation de l'ANS et d'Interop'santé). Récemment, de nombreux efforts ont été réalisés au niveau européen 
 et par conséquent et de plus en plus, nous devons également tenir compte des guides d'implémentation FHIR européen, nous 
 préparant ainsi à l'European Health Data Space (EHDS).
diff --git a/input/pagecontent/glossary.md b/input/pagecontent/glossary.md
@@ -22,7 +22,7 @@ Par exemple, pour le questionnaire de représentation du modèle métier de l'us
 
 ##### Cas particulier des StructureDefinition
 
-- id doit préciser à quel type il s’applique (c’est-à-dire son Base)
+- id doit préciser à quel type il s'applique (c'est-à-dire son Base)
 
 Par exemple pour le profil dédié au poids : 
 -	id = name = DMObservationBodyWeight
@@ -33,6 +33,28 @@ Par exemple pour le profil dédié au poids :
 Id est un UUID. 
 On pourra colliger les ressources afférentes à un cas d'usage dans un fichier dont le nom explicitera le cas d'usage. 
 
+#### NammingSystem
+
+La plupart des ressources FHIR propose un attribut `identifier` qui permet de renseigner 0 à n identifiants métiers a une ressource. Ces identifiants permettent notamment de créer des liens logiques entre les ressources (via les attributs de type `reference` et leur attribut `identifier`). 
+
+Cet attribut `identifier` est particulièrement intéressant pour le lineage des ressources, lorsqu'il s'agit de créer une ressource FHIR à partir d'un objet déjà existant, dans un autre format, au sein du système d'information. 
+
+Cela impose néanmoins une gestion rigoureuse des namespace. On part sur le principe que les namespaces seront défini comme suit : 
+
+[base APHP]/[type de ressource FHIR]/[identifiant unique d'un processus de génération d'identifiant unique]
+
+avec : 
+- [base APHP] = `https://aphp.fr/meta`
+- [type de ressource FHIR] appartient au ValueSet [ResourceType](http://hl7.org/fhir/ValueSet/resource-types)
+- [identifiant de processus] est à construire en interne, par exemple : `ipp` (il n'y a qu'un processus de création d'ipp à l'APHP : par le SIU Orbis), `ProduitChimioAVC` (il y a des médicament dans CHIMIO et dans d'autres outils, plusieurs CHIMIO et plusieurs 'type' de médicament dans chaque CHIMIO)
+
+Plusieurs stratégies sont envisageable pour s'assurer de l'unicité des namespace _by design_ :
+- mettre en oeuvre un registre interne des namespace : un serveur FHIR dans lequel chaque responsable de namespace enregistrerait une ressource NamingSystem pour chacun des namespace qu'il gère, en s'assurant qu'il n'existe pas déjà. 
+- fournir à chaque responsable de namespace un code unique qui serait inclus dans l'identifiant de processus du namespace
+- consolider un codesystem contenant tous les namespace utiles, charge à chaque responsable de namespace d'enrichir ce CS en tant que de besoin. 
+
+Une difficulté réside dans le souhait, exprimé par des responsable de namespace, de ne pas publicisé, auprès de partenaires extérieurs, certains namespace. 
+
 #### uri des sources
 On décide, pour chaque ressource FHIR intégrée dans le Hub de donnée, de préciser l'application source de cette ressource via l'attribut `meta.source`. Cet attribut attend une uri qui sera, autant que possible, créée selon la convention suivante :
 1. https://
diff --git a/input/resources/usages/core/Questionnaire-UsageCore.json b/input/resources/usages/core/Questionnaire-UsageCore.json
diff --git a/input/sql/applications/dpi/CORE.BIOLOGY.sql b/input/sql/applications/dpi/CORE.BIOLOGY.sql
diff --git a/input/test-map/usages/core/CoreDataSet-test.json b/input/test-map/usages/core/CoreDataSet-test.json

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`@@ -1,3 +1,4 @@`
	`1`	`+/*`
`1`	`2`	`map "https://aphp.fr/ig/fhir/dm/StructureMap/CorePhysical2Business" = "CorePhysical2Business"`
`2`	`3`
`3`	`4`	`/// name = 'CorePhysical2Business'`