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<li><a href="analyse-de-survie.html">Analyse de survie</a></li>
<li><a href="analyse-de-sequences.html">Analyse de séquences</a></li>
<li><a href="trajectoires-de-soins.html">Trajectoires de soins : données longitudinales, analyse de séquences, modèle multinomial, modèle à temps discret, modèles de survie classiques et multi-états</a></li>
<li><a href="analyse-de-reseaux.html">Analyse de réseaux</a></li>
<li><a href="analyse-spatiale.html">Analyse spatiale</a></li>
</ul>
</div>
</div>
</ul>
</li>
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<div class="col-sm-4">
<ul class="multi-column-dropdown">
<li class="dropdown-header">Graphiques</li>
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</div>
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<li class="dev"><a href="ecrire-ses-propres-fonctions.html">Écrire ses propres fonctions</a></li>
<li><a href="rmarkdown-les-rapports-automatises.html"><strong>R Markdown</strong> : les rapports automatisés</a></li>
</ul>
</div>
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<div class="row">
<a href="https://github.com/larmarange/analyse-R"><img style="position: absolute; top: 60px; right: 0; border: 0;" src="https://camo.githubusercontent.com/e7bbb0521b397edbd5fe43e7f760759336b5e05f/68747470733a2f2f73332e616d617a6f6e6177732e636f6d2f6769746875622f726962626f6e732f666f726b6d655f72696768745f677265656e5f3030373230302e706e67" alt="Contribuer sur GitHub" data-canonical-src="https://s3.amazonaws.com/github/ribbons/forkme_right_green_007200.png"></a>
<div class="col-sm-9" role="main">
<article>
<div class="fluid-row" id="header">
<h1 class="title toc-ignore">Export de données</h1>
</div>
<div id="TOC">
<ul>
<li><a href="#export-de-tableaux-de-donnees">Export de tableaux de données</a></li>
<li><a href="#exporter-des-objets-spatiaux">Exporter des objets spatiaux</a></li>
<li><a href="#sauvegarder-des-objets">Sauvegarder des objets</a></li>
</ul>
</div>
<p><dfn data-index="données, exporter"></dfn><dfn data-index="exporter des données"></dfn></p>
<div id="export-de-tableaux-de-donnees" class="section level2">
<h2>Export de tableaux de données</h2>
<p>On peut avoir besoin d’exporter un tableau de données dans <strong>R</strong> vers un fichier dans différents formats. La plupart des fonctions d’import disposent d’un équivalent permettant l’export de données. On citera notamment :</p>
<ul>
<li><code data-pkg="reader" data-rdoc="write_delim">write_csv</code>, <code data-pkg="reader" data-rdoc="write_delim">write_delim</code>, <code data-pkg="reader" data-rdoc="write_delim">write_tsv</code> (<code class="pkg">readr</code>)permettent d’enregistrer un <em>data frame</em> ou un tibble dans un fichier au format texte délimité</li>
<li><code data-pkg="haven" data-rdoc="read_sas">write_sas</code> (<code class="pkg">haven</code>) permet d’exporter au format <strong>SAS</strong></li>
<li><code data-pkg="haven" data-rdoc="read_spss">write_sav</code> (<code class="pkg">haven</code>) permet d’exporter au format <strong>SPSS</strong></li>
<li><code data-pkg="haven" data-rdoc="read_dta">write_dta</code> (<code class="pkg">haven</code>) permet d’exporter au format <strong>Stata</strong></li>
</ul>
<p>L’extension <code>readxl</code> ne fournit pas de fonction pour exporter au format <strong>Excel</strong>. Par contre, on pourra passer par la fonction <code data-pkg="xlsx">write.xlsx</code> de l’extension <code class="pkg">xlsx</code>.</p>
<p>Pour le format <strong>dBase</strong>, on peut utiliser <code data-pkg="foreign">write.dbf</code> (<code>foreign</code>{.pkg)})</p>
<p>Ces fonctions sont utiles si on souhaite diffuser des données à quelqu’un d’autre, ou entre deux logiciels.</p>
<p>Si vous travaillez sur des données de grandes dimensions, les formats texte peuvent être lents à exporter et importer. Dans ce cas, l’extension <code class="pkg">feather</code> peut être utile : elle permet d’enregistrer un <em>data frame</em> au format feather, qui n’est pas le plus compact mais qui est extrêmement rapide à lire et écrire <a href="#fn1" class="footnoteRef" id="fnref1"><sup>1</sup></a>.</p>
<p>Les fonctions <code data-pkg="feather">read_feather</code> et <code data-pkg="feather" data-doc="read_feather">write_feather</code> permettent d’importer et exporter des tableaux de données dans ce format.</p>
</div>
<div id="exporter-des-objets-spatiaux" class="section level2">
<h2>Exporter des objets spatiaux</h2>
<p>On aura recours à l’extension <code class="pkg">maptools</code> qui fournit les fonctions <code data-pkg="maptools" data-rdoc="readShapePoints">writePointsShape</code> | <code class="pkg">maptools</code>, <code data-pkg="maptools" data-rdoc="readShapeLines">writeLinesShape</code> et <code data-pkg="maptools" data-rdoc="readShapePoly">writePolyShape</code> pour exporter des données respectivement de type points, lignes et polygones au format <strong>Shapefile</strong>, et la fonction <code data-pkg="maptools" data-rdoc="readAsciiGrid">writeAsciiGrid</code> pour exporter un objet raster au format <strong>ASCII grid</strong>.</p>
</div>
<div id="sauvegarder-des-objets" class="section level2">
<h2>Sauvegarder des objets</h2>
<p>Une autre manière de sauvegarder des données est de les enregistrer au format <code>RData</code>. Ce format propre à <strong>R</strong> est compact, rapide, et permet d’enregistrer plusieurs objets <strong>R</strong>, quel que soit leur type, dans un même fichier.</p>
<p>Pour enregistrer des objets, il suffit d’utiliser la fonction <code data-plg="base">save</code> et de lui fournir la liste des objets à sauvegarder et le nom du fichier :</p>
<div class="sourceCode"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span class="kw">save</span>(d, rp2012, tab, <span class="dt">file =</span> <span class="st">"fichier.RData"</span>)</code></pre></div>
<p>Pour charger des objets préalablement enregistrés, utiliser <code>load</code> :</p>
<div class="sourceCode"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span class="kw">load</span>(<span class="st">"fichier.RData"</span>)</code></pre></div>
<p>Les objets <code>d</code>, <code>rp2012</code> et <code>tab</code> devraient alors apparaître dans votre environnement.</p>
<div class="important">
<p>Attention, quand on utilise <code data-plg="base">load</code>, les objets chargés sont importés directement dans l’environnement en cours avec leur nom d’origine. Si d’autres objets du même nom existaient déjà, ils sont écrasés sans avertissement.</p>
</div>
<p><strong>R</strong> propose différentes fonctions permettant d’exporter des données vers des formats variés.</p>
<table>
<thead>
<tr class="header">
<th align="left">Type de fichier souhaité</th>
<th align="left">Fonction</th>
<th align="left">Extension</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr class="odd">
<td align="left">texte</td>
<td align="left"><code data-pkg="utils">write.table</code></td>
<td align="left"><code class="pkg">utils</code></td>
</tr>
<tr class="even">
<td align="left">CSV</td>
<td align="left"><code data-pkg="utils" data-rdoc="write.table">write.csv</code></td>
<td align="left"><code class="pkg">utils</code></td>
</tr>
<tr class="odd">
<td align="left">CSV</td>
<td align="left"><code data-pkg="readr">write_csv</code></td>
<td align="left"><code class="pkg">readr</code></td>
</tr>
<tr class="even">
<td align="left">Excel</td>
<td align="left"><code data-pkg="xlsx">write.xlsx</code></td>
<td align="left"><code class="pkg">xlsx</code></td>
</tr>
<tr class="odd">
<td align="left">dBase</td>
<td align="left"><code data-pkg="foreign">write.dbf</code></td>
<td align="left"><code class="pkg">foreign</code></td>
</tr>
<tr class="even">
<td align="left">SPSS</td>
<td align="left"><code data-pkg="haven">write_sav</code></td>
<td align="left"><code class="pkg">haven</code></td>
</tr>
<tr class="odd">
<td align="left">SPSS</td>
<td align="left"><code data-pkg="foreign">write.foreign</code></td>
<td align="left"><code class="pkg">foreign</code></td>
</tr>
<tr class="even">
<td align="left">Stata</td>
<td align="left"><code data-pkg="foreign">write.dta</code></td>
<td align="left"><code class="pkg">foreign</code></td>
</tr>
<tr class="odd">
<td align="left">Stata</td>
<td align="left"><code data-pkg="haven">write_dta</code></td>
<td align="left"><code class="pkg">haven</code></td>
</tr>
<tr class="even">
<td align="left">SAS</td>
<td align="left"><code data-pkg="foreign">write.foreign</code></td>
<td align="left"><code class="pkg">foreign</code></td>
</tr>
<tr class="odd">
<td align="left">SPSS</td>
<td align="left"><code data-pkg="foreign">write.foreign</code></td>
<td align="left"><code class="pkg">foreign</code></td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p>À nouveau, pour plus de détails on se référera aux pages d’aide de ces fonctions et au manuel <cite>R Data Import/Export</cite> accessible à l’adresse suivante : <a href="http://cran.r-project.org/manuals.html" class="uri">http://cran.r-project.org/manuals.html</a>.</p>
</div>
<div class="footnotes">
<hr />
<ol>
<li id="fn1"><p><code>feather</code> est un format compatible avec <strong>Python</strong>, <strong>R</strong> et <strong>Julia</strong>. Pour plus d’informations voir <a href="https://github.com/wesm/feather" class="uri">https://github.com/wesm/feather</a><a href="#fnref1">↩</a></p></li>
</ol>
</div>
</article>
</div>
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</div>
</div>
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pkg = $(this).attr('data-pkg');
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rdocumentation = $(this).text();
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fonction = $(this).text();
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$(this).attr('data-toggle','tooltip');
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$(this).attr('title','package : ' + pkg);
$('[data-toggle="tooltip"]').tooltip();
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// ZeroClipboard
$('pre.r').parent().each(function(){
$(this).children('pre.r').first().before('<div class="zero-clipboard hidden-print hidden-xs"><button class="btn-clipboard">Copier</button></div>');
}); // Il peut arriver que le pre ne soit pas précédé (cf. figures)
$('*:not(pre):not(.zero-clipboard) + pre.r').before('<div class="zero-clipboard hidden-print hidden-xs"><button class="btn-clipboard">Copier</button></div>');
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// `this` === `client`
// `event.target` === the element that was clicked
//event.target.style.display = "none";
$(event.target).parent().before('<div class="alert alert-success"><a href="#" class="close" data-dismiss="alert">×</a>Le code <strong>R</strong> de l’exemple a été copié dans le presse-papier.</div>');
} );
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