-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathba1d.py
10 lines (8 loc) · 9.81 KB
/
ba1d.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
def all_pattern(t, p):
for i in range(len(t) - len(p)):
if t[i:i+len(p)] == p:
print(i)
f = open("rosalind_ba1d.txt", "r")
p = "AGACCACAG"
text = "AAACTGAGACCACAAGACCACAGACCACAGACCACAGACCACCCTTCAGACCACAGACCACTTGAGCGTAGACCACGGAGACCACAGACCACCGAGACCACGAGACCACCGTTTCGATCAGGAGACCACATTAGACCACCCTCCAGACCACGGAGACCACTAGACCACGAGACCACAAGACCACGCAGACCACGAGACCACAGACCACTTTCCAAGACCACTAAGACCACGAGACCACCAAGCTGAGACCACAGAAGACCACAAGACCACCATCAGACCACGAAGATAGACCACTACCTCAGACCACTAGACCACACAGTCCGGTTCAGACCACAGACCACAAAAGACCACCAGGGTTAGACCACCTGAATAGACCACAGACCACGAAGCAGACCACTAGACCACTGAGACCACCGTCAGTTCTAAGACCACGCCAGACCACGGGCAGACCACAGAGACCACAGACCACTAACTTTAAGAGACCACAGAAGCCGGATAGACCACCATAGACCACAGACCACCATTATAAGACCACACAGACCACCAGCGAGACCACAGACCACAGACCACAGACCACAGACCACCAGACCACGAGACCACGCAGACCACCTAGACCACCAGAGTCCCTAGACCACAGACCACAGCGAAGACCACTAGACCACCGAACAGCCGAGACCACGTTGAGTTTGGAGACCACACTAGACCACTTAAGACCACAGACCACCAGACCACAGACCACCAAGACCACAGACCACAGACCACAACAGACCACAGACCACGGCTGTAGACCACAGACCACCGAAGACCACTCAGACCACTTAGAAGACCACAGACCACAGACCACCCGAGACCACAAGACCACTAAGACCACAAAGACCACAGACCACAAGACCACGAGACCACCAATAAGACCACTTTACCTGAGACCACCTTAGACCACAAACGATCATAGACCACAGACCACGCTAGACCACTAGACCACGCTAGCTAGACCACATAGACCACAGACCACAAGACCACAGACCACAGACCACTGAGACCACGCAGACCACTGGTAGACCACTGGTACAGACCACAACAAGACCACAGAAGACCACTCAGTCAAGACCACTGAGACCACGCAGAGACCACAGACCACGAACCGAAGACCACGCACAGACCACAGACCACTTAGACCACGTAGACCACACAGACCACTTTCGCAGACCACAGACCACAGACCACCTTAGACCACCACGAGACCACCAGACCACAGAGACCACGAGAGTTCGCCAAGTGCAGACCACCAAACTCAGACCACAGACCACCGAAAGACCACAAGACCACAGACCACGTAGACCACCAATCTGTAGTTGATCAGACCACGAGACCACAAGACCACAGACCACGTTACGCAGACCACAGACCACCAAGACCACGAGACCACGAGACCACGTCGAGACCACCATAGACCACAGACCACAGACCACGAGAGACCACTAGACCACAGTAGACCACAGACCACACTAAGACCACTATCCAGACCACCAGACCACAGACCACAGACCACTGGAGACCACTAGACCACGCTAGACCACCTGGAGACCACCAGACCACAGACCACAGAGACCACAAGACCACAAGACCACATTTAGACCACCAGACCACCCTAGACCACGAGACCACACTAAGACCACTAGACCACTACGTGAGACCACTCAGACCACAGACCACAGACCACCAGACCACAGACCACGGGCCAGACCACACTGAGACCACCTAGGGAGACCACAGACCACATCAGACCACCAAAGACCACCAGACCACGTGGCAGACCACGAGACCACCCAAAAGACCACGTCAGACCACAGACCACTATTGAGACCACAGACCACTAACAGACCACAGACCACAGGGACAAGACCACTGTTAGACCACAGACCACACAGACCACGATGCTGCGAAATAGACCACAGACCACATCTGAGACCACTCTTTAGACCACGAGACCACTGCAGACCACAGACCACGTAAGACCACAGCAGACCACCCGAGTTCAGACCACGTGGCATAGACCACAGACCACTCAGACCACTGAGACCACTCAGACCACGAGACCACAGTTATCGGGAGACCACTAGACCACTCAGACCACAAGACCACAGATAGACCACTCGAGACCACCTAGACCACAAAGAAGAGACCACGACGAAAGACCACAGACCACGGAGACCACTGAGACCACGGATCCAAGACCACGGAAAAAGACCACGTAGACCACTTTTAAGACCACCAGACCACAGACCACGCAAGACCACAGACCACTAGACCACAGACCACCCCAGACCACCTAGACCACAGACCACAAGAGACCACAGACCACGAAGACCACAGACCACGTGCAGAAGACCACATATTATTAGTTGTGAGACCACCAGACCACTTTTCAGACCACAGACCACGTTTTAGACCACTAGTCATTAGACCACCAGACCACGCGAGACCACAAAGACCACGGCAGGAGACCACAGACCACAAGACCACGCAGACCACCTCGTGCAGACCACTAGACCACAAAGACCACAGACCACACAGACCACAACCCGTCATAGACCACAAGACCACCAGTGAAGACCACTTAAGGAGACCACAGACCACCCAGACCACATACAGACCACAGACCACAGACCACAAGACCACATTCAGAGACCACTACGAGACCACGAAGACCACTAGACCACAAGACCACGGCAGACCACAGACCACAGACCACAACATGTGAGACCACTGCGAGACCACTAAGTTAGAAGACCACAGTCAGACCACCAGACCACGAGACCACCTTAGACCACGAGACCACGAGCGGTTCAGACCACAAGACCACTAGACCACGATGTAGCCAGACCACAGACCACGAGACCACAAGACCACGTAGACCACAGACCACAGCCTGTCAAGACCACAGCAGACCACCCGCAGACCACAGAGACCACACCAAGACCACAAGACCACAAGACCACCGCAGAGACCACAGACCACAGACCACCGCAGACCACACAGACCACAGACCACAGAGACCACAGACCACCCGATAGACCACCGCAGACCACCAGACCACAGACCACCAGACCACTTCCCAAGACCACAGACCACACTTAGACCACAACTGACCATAGGAGACCACAATTTGCCAAAGACCACCAGACCACTAGACCACAGACCACTGATAAGACCACAGTCAGACCACGTGAGACCACAGACCACCCTGAGACCACTCTAGACCACTCAGACCACCTAAGACCACGAGCGTGTATAGACCACGGTTAAGACCACAGACCACGTGTGCTGGTAGTTAGACCACAGACCACTAGACCACAGACCACAAGACCACAAGACCACAGGTAGACCACAGACCACAGACCACTAGACCACGAAGACCACTAGACCACAGACCACAGACCACGGCAGACCACAATTTAGACCACAGACCACGAGACCACCTGATTCAGACCACAGACCACACTTCGAGACCACGCTTGTTAGACCACTAAGACCACCCAGACCACAGACCACCAGACCACAGACCACAAGACCACAGACCACCAGACCACAGACCACAAAGACCACCGCATCAGACCACTAAACAGACCACAGACCACCATAAATCGGTCAGACCACAGACCACATAGACCACGAGACCACTGATGAACGAGACCACAGACCACGTAAGACCACCAAGACCACTAGACCACTTCCAAGAAGACCACAGACCACAGACCACTAGCAGAACAAGACCACTAAGACCACATTTAAGACCACACTGAGACCACGAGACCACAGACCACTCTTTCTAGACCACTCTAGACCACTAGACCACAGACCACTAGACCACAGCTCGACGCACAAAGACCACACACAGACCACTTAGACCACGCGAGACCACGGCGCAGACCACAGACCACTGTAGACCACAAGACCACTGTACAAAGACCACCTGACAGACCACAGAAGACCACCAGACCACAAGACCACCTCCTAAAAGACCACAGACCACCCATAGACCACAAGACCACCAGACCACAGACCACAGACCACGTAGACCACAGACCACTGGGTTGTCATAAAAGATTAGACCACCAGACCACTAAGACCACAGACCACGTCGGCAAGACCACAGACCACAGACCACAACAGACCACTAAGACCACTAGACCACAGACCACCGGAGACCACTCAGACCACGGCAGACCACTAGACCACGGAGCCAGACCACCGGGAGACCACCCAGACCACAGACCACGAGACCACGGAGACCACGACGTGGAGACCACACTGGGAGACCACTAGACCACGCTCAGACCACAGACCACGTTAGACAGACCACAAGACCACCACAGACCACCCGTCCTCTAGACCACAGACGAGACCACTCAGACCACGACTGCTCTACTATAGACCACTCAGACCACAAGACCACTGGAGACCACAGAGACCACGCACAGACCACGTAGACCACAAGACCACAAAAGACCACAGACCACAGACCACTGGAGAGACCACGATCTAAGACCACAGACCACACTGCGAGACCACAGACCACAGACCACAGACCACCACAAGACCACACAGACCACGACAGACCAAGACCACAGACCACGAAGACCACTGAGACCACACGTTAGACCACAAGTTGCGTGAGACCACCTAAGACCACAGGAGACCACAGACCACCTCCGTCTAGACCACCAGACGGTAGACCACATTTAAAAGACCACAAGAGACCACAGACCACAGACCACAGACCACTAGACCACGTCAATAGACCACTAACAGACCACAGACCACAGACCACTTGTAGACCACAGACCACAAGACCACCAGACCACGACAAGGAGACCACGGGGGAGACCACTATCAGACCACCGAGACCACAGACCACCAGACCACCTAAGACCACGAGACCACATATAGAGACCACGGCATAGACCACAGACCACATAGACCACTAAGACCACTCATAGACCACATTAGACCACAGACCACAGACCACCGTTTTAGACCACAGACCACAAGACCACCAGACCACAGACCACAGTCGGAAGACCACTAGAAGACCACTAGACCACTAAAGACCACGGTGAGGCCTGAGAGACCACAAAGACCACGTCGGGGAGACCACCCTCAGACCACCCAGACCACGAGACCACAGACCACCCGAAGACCACAGACCACAAGACCACTTCCTGACTTGAGACCACAGAGGAGACCACACAGACCACGTAGACCACTGAGACCACCAGACCACAAAGACCACGAGCAGACCACTAGACCACCAGACCACCGTGTTTAGACCACGCAAATAAGACCACAGACCACCAGGGCGAGACCACAGACCACAGACCACGGCACCAGACCACTTGAGACCACGATCTGTGCAGACCACTGGTAAGAGACCACCAGACCACTCGGATAGACCACCTAGACCACAGACCACAAAGACCACCCGCCAGGAGACCACCAGACCACAAGACCACCTAGACCACCTAGACCACCAAAAGACCACCTAGTGGTAGACCACCCTTAACATCAGACCACAGACCACACAGACCACGGTTAAAGACCACAGACCACGAATCTTCTGAGACCACTAGACCACCTAGACCACGGTCGTCAGCAGACCACTAGCAAACAGACCACTTAAGACCACAAGACCACAGACCACACACAGTCGAGACCACTGGGGAGACCACAGACCACGGTGAAGACCACCCGAGACCACCAGGAGACCACCGTGTTAGACCACAGACCACCACAGACCACAGACCACAGACCACGCTCGGGAAGAGACCACCGCAGACCACATTTTAGACCACAAGGCGTTCAAGACCACTAGACCACCCGCGAGACCACAGACCACAGACCACAAGACCACAGACCACACAGACCACAGACCACCCTAGACCACAGACCACGAGACCACTAGACCACGAGACCACCATCTTAGACCACAAGACCACGTTTGCCGAAAGACCACAATAGACCACTTCCGGAGACCACAATTCAGACCACTCAGACCACCCCCAGACCACAGACCACGTGAGACCACTACCTAGACCACGGCATAGACCACAGACCACAGACCACCGGATCCAACTCTCGGAGACCACCCGACGAGACCACGAGACCACCTAGACCACCAGACCACTCCATAACAGACCACTTTCAGACCACAGACCACCAGACCACCAGACCACAGACCACCCAGACCACTAAGACCACAGACCACCTCAGACCACCCAGACCACGGTGCGACAAGACCACCCAGACCACTCAAGACCACTAGACCACAGACCACAGACCACAAGCAAAATTAGACCACTTAGACCACATTTAGACCACCAGTAAGACCACCCCAAGCTACAGACCACAAGACCACTCAGAACAGAGACCACGTGAGACCACTCCAGACCACAAAAGACCACTCGTCAGACCACCAGACCACAGACCACAAGACCACCATAGACCACATTAGACCACTGGAGACCACAGAGACCACCCACCAGACCACAACAGACCACAGACCACAGACCACAAAGACCACAGAACTAGACCACAGACCACTGCAGACCACCATTAAAGACCACCAATCGAGACCACAGACCACATTGGCCAGACCACAGACCACATGGCCATAGACCACAGACCACAGACCACCTCAGACCACAGACCACAGACCACGAGACCACTCAGACCACAGAAAGAGACCACAGACCACCCACAGACCACATAGACCACATGGCAGACCACAGACCACCTGGGAGACCACAACCTGCATTCAGACCACAGACCACATGTAGACCACCTCAGAAGACCACTCACAGCCAAGACCACAAGACCACTAGACCACGAAGACCACTCATGTATAGACCACCTTTCTAGACCACTAGCCGAAGACCACGGAGACCACCAGACCACAGACCACGAGACCACTCTGTAGACCACAGACCACAGAGACCACTATGGAGACCACTTGAATGAAGACCACAAGACCACTCTGCTCTCAGACCACCAGACCACAGACCACAGACCACAAGGAGACCACAGAGACCACAGACCACGAGACCACTTAGAGACCACGAGAATCTGAGACCACGAGACCACACTAGACCACTGCTGAGACCACAGACCACAGACCACGAGGTGTACTGAAGACCACCCAGACCACAAGACCACAAAGCCTCCAGACCACCCGCGGTGAATAGACCACCGGAGACCACGGACAAGTCGAGACCACTAGACCACAGACCACCTTAAAATCTAGACCACAGACCACGAGACCACCGCAAGACCACTAGGGACAGACCACTAGACCACCAAAGACCACCAGACCACGAGACCACGCACAGACCACAGACCACAGACCACGCAGACCACAGACCACATAGACCACAATAGACCACGCCGTAGACCACAGACCACCTGCAAAAGACCACCTAGACCACCGAGACCACTGAATAGACCACTAAGACCACTTAGACCACGTAATCCGCCAGACCACGAGACCACAGACCACTAGACCACAAGACCACATGTCTTAGACCACACGGTTTCAGACCACCAGACCACCAAGACCACAGACCACAGACCACCTAGACCACGTCCCGAGACCACATTAGACCACTGAGACCACCAAGACCACAGACCACCGGTTTTAGACCACAGACCACAGACCACTGAGTGTAGACCACAGACCACTTGGGAAAGACCACACATAGACCACTCCAAAGACCACCGGAGACCACAACTAGACCACACGGTAGACCACGAGACCACAGACCACAGACCACTCCTAGACCACACAGACCACAAGACCACCAGACCACAAATAGAGACCACCAGACCACAGACCACAGACCACCGAGACCACGAGACCACGAGACCACGCCACCCAGACCACCGAGACCACCTAGACCACAAGACCACTAAGACCACCAGACCACTAGGAAGACCACGAGACCACCGAGACCACAGACCACCGCCCAGACCACTGAGACCACTAGACCACTCAAGACCACAACAAGACCACGCTGAAGACCACGTAGACCACGCTGAGTTATAAGACCACTGTCAGACCACGGGCGTATAGACCACTAGACCACAGACCACTTGGAGACCACCCTCTCTGAGACCACGCGGTAAGACCACCGAGACCACAGACCACACCGCGAGACCACAGACCACGGCGTGTAGACCACAGACCACAGACCCAAGACCACAAGACCACGTAGACCACTCCCAGACCACAAGACCACTTTAGGCAGACCACGACAGACCACAGACCACAGACCACGAGTTAGACCACCAGACCACCCAGACCACAGACCACTCCAGACCACTGAGACCACCAGACCACAGACCACAGACCACAGACCACCAGACCACGTCAGACCACAAGACCACTAGAGACCACCAAGACCACGTGAATATCGCGAACCGGCATAAGAGACCACAAAGCCCGAGACCACCAAAGACCACAGACCACGAGACCACAGACCACAAGACCACAGACCACTTCAGACCACCAGACCACCGCAGACCACTAATTCCAGACCACCGAGACCACTAGACCACGGTATTGTCGAGACCACTTAGACCACCTGATCCAAAGACCACGAGACCACCAAGACCACCGAGAGACCACACTAGACCACGAAAGACCACTCGTACCGGCAGACCACATAAGACCACATCGAGACCACCTAGACCACGCTAGACCACAGACCACAGACCACAGACCACTGTGAGACCACTCTTAGACCACTCTAGAGACCACAGACCACTCATATAGACCACCGTATTCTGAAGACCACGCTTAGATAGTGCAGACCACAAGACCACTGTGACAGACCACCCGTAGACCACGAGACCACTTAGACCACGAGACCACTAGAGACCACGTTAGACCACGAGACCACAGACCACTCCCACTAGCAGACCACAATGATAGACCACAGAGACCACAGACCACGAGACCACAGACCACAGACCACAGACCACGTACATTGTTACCAGACCACGAGACCACAGCAGACCACAAGTCAAAGACCACCAGACCACACGAGACCACTAGACCACTAGACCACAAGGAGACCACGAAGACCACATTGCAGACCACAGACCACAGACCACAAGACCACCAGAGACCACGCAAGACCACAGACCACTAGACCACTAAGAGACCACAGACCACCTCCAGGCAAGACCACTGCAGACCACACAACATATGCTAGAGACCACCTCCCGGCCGGTGTTAGACCACGCGAGACCACAACGGCAGACCACAAGACCACTAGACCACTTATAGGCAGACCACTTCAGACCACCATACTAAGACCACAGACCACCATAGGAGACCACTGAGACCACAGACCACTTGCAGACCACTGAGCAGACCACTGGCCGAGACCACACAGACCACGAGTCGTCAGACCACTACAGACCACAAGACCACAAGACCACATAAGACCACGTTGCCAGACCACTGAAGACCACAGACCACCGTATAGTCCCAATTGGTAAGACCACTTAGACCACCAAGACCACTTTCCTAGACCACCAGACCACGAGACCACCAGACCACTAGACCACGAGACCACAAGAGACCACTAGACCACTGGTAGACCACGCGGGAGACCACTAGACCACAGCATGTGAGACCACCTAGACCACCCAGACCACAGACCACCCGAGACCACTAGACCACAGACCACGAGACCACTACGAGACCACCGAGACCACAGACCACCCCATGGCAGACCACATTGCAGACCACAAGACCACACACCCAGACCACAGACCACTGTGAGCAGACCACT"
all_pattern(text,p)