一些 R 包问题

[XiangyunHuang]

书籍用到了很多 R 包，一些 R 包处于活跃开发和变动中，现将问题记录于此，以便跟进。如下都是一些对书籍影响比较大的 R 包，而且这些 R 包本身影响力也比较大，比如 ggplot2、 spatstat、 gt、 echarts4r 等

ggplot2

问题解决后就勾掉

• 11月中旬集中更新一次软件包，然后启用 renv 版本管理，摁住版本，直到把书写完。renv 不好弄，还是用 DESC 文件管理，尝试使用 renv 做版本管理，但是失败了，总是安装 cmdstanr 失败，找不到，可见 renv 不能识别 CMDSTAN 仓库，继续使用 DESC 文件管理 R 包依赖。
• ggbump 没有经常维护， ggplot2 和 vctrs 升级后，导致 ggbump 更加不稳定，代码无法运行。
  https://github.com/davidsjoberg/ggstream 也是，因此不值得被介绍，后续要移除或类似瀑布图、时间轴图重新从零开始制作。
• 还影响了 bayesplot 包，导致无法绘制后验分布图，详见 Issues with next version of ggplot2 stan-dev/bayesplot#289
• ggplot2 从版本 3.4.0 开始，视觉映射 size 被替换为 linewidth ，size 会无效。
  而在版本 3.4.0 之前，如果使用 linewidth 会报警告问题 Warning: Ignoring unknown parameters: linewidth 详见
• Rename size aesthetic for line-based geoms tidyverse/ggplot2#3672
• https://www.tidyverse.org/blog/2022/08/ggplot2-3-4-0-size-to-linewidth/

由于 ggplot2 3.4.0 的改动导致本书使用的一些下游 R 包报出警告，预计 2022 年10月底之前发布 3.4.0 版本。

• ggmosaic Warning from tidyr re unite_() deprecation haleyjeppson/ggmosaic#60
• likert Warning message: The size argument of element_rect() is deprecated as of ggplot2 3.4.0. jbryer/likert#127
• ggtern https://github.com/leogama/ggtern
• ggraph 网络图 https://github.com/thomasp85/ggraph Deprecation warning for size aesthetic thrown by geom_edge_link (and similar) since ggplot2 version 3.4.0 thomasp85/ggraph#333
• ggalluvial 待发布新版

书中用到以下 R 包的开发版，待新的稳定版本发布后，可以更新 DESCRIPTION 文件

• davidsjoberg/ggbump 凹凸图 https://github.com/davidsjoberg/ggbump
• giocomai/ganttrify 甘特图 https://github.com/giocomai/ganttrify
• ricardo-bion/ggradar 雷达图 https://github.com/ricardo-bion/ggradar
• ggsurvfit 与 ggplot2 3.5.0 有不兼容的地方 生存分析图 https://github.com/pharmaverse/ggsurvfit

  ggsurvfit(aml_ggsurvfit, linewidth = 1) +
    add_confidence_interval() +
    add_risktable()

  Warning messages:
  1: In ggplot2::geom_blank() :
    All aesthetics have length 1, but the data has 22 rows.
  ℹ Did you mean to use `annotate()`?
  2: In ggplot2::geom_blank() :
    All aesthetics have length 1, but the data has 22 rows.
  ℹ Did you mean to use `annotate()`?
  3: In ggplot2::geom_blank() :
    All aesthetics have length 1, but the data has 22 rows.
  ℹ Did you mean to use `annotate()`?
  4: In ggplot2::geom_blank() :
    All aesthetics have length 1, but the data has 22 rows.
  ℹ Did you mean to use `annotate()`?
  5: In ggplot2::geom_blank() :
    All aesthetics have length 1, but the data has 22 rows.
  ℹ Did you mean to use `annotate()`?
  

spatstat

• spatstat 版本 3.0-0 以后 spatstat.core 包被拆分成 spatstat.explore 和 spatstat.model 两个包，届时得用 spatstat.explore::density.ppp 替换 spatstat.core::density.ppp 详见 https://github.com/spatstat/spatstat/blob/master/NEWS

DT

• DT 包含有中文字符的数据导出为 PDF 格式时，出现乱码

gt

简单的表格可以一律用 knitr::kable 来做，复杂的表格可以一律用 gt 包做，主要考虑到 gt 的活跃开发现状， gt 和 Quarto 的紧密结合，以及 gt 的扩展生态（比如 gtExtra / gtreg），以及 gt 和 Quarto 都属于 RStudio 大厂持续维护和高投入。

gt gtsummary gtreg gtExtras 等包的文档见 https://github.com/jthomasmock
模型输出考虑 gtsummary 或者 modelsummary

Word 输出中，交叉引用功能失效，需要 Quarto 和相关表格包互相支持，预计 Quarto 1.4 会支持。

• gt 使用 reactable 将静态表格转为交互表格，因此，后续介绍交互表格将基于 reactable 包
• gt 的 cols_width() 目前不支持 LaTeX 输出，对于复杂表格有点麻烦 Column widths not porting to LaTeX rstudio/gt#634
• 用 gt 包制作复杂表格，展示 anscombe 数据（列分组的），展示 UCBAdmissions 数据（列分层分组）
• flextable 在 docx 格式输出中丢失交叉引用，且使用方式和其它包不太一样，配合管道操作还不错。
• kableExtra 若设置样式，则可能影响其它位置的表格。面对 HTML 和 PDF 输出 kableExtra 需要两套代码。在 PDF 输出中丢失交叉引用，不支持 DOCX 输出。不经常维护，不推荐使用。
• DOCX 格式输出，两个表格丢失引用，应该是 gt 包的问题 详见 tab_spanner() does not work as intended when output format is docx rstudio/gt#994

WARNING: Unable to resolve crossref @tbl-anscombe-datasets
WARNING: Unable to resolve crossref @tbl-ucb-admissions

已报告，详见 rstudio/gt#1140

• gt 包使用 tab_spanner 实现列分组，但是列分组在 Word 中不支持，表格整个是乱掉的。但是在 HTML / PDF / EPUB 中是好的。

emo

• emo 的 Emoji 图在 Ubuntu 上渲染正常，在 MacOS 上渲染失败。
  这确实是与系统有关系的，详见 https://stackoverflow.com/questions/52378661

echarts4r

• 斐济地震数据 quakes，制作三维气泡图，size 和 color 不能同时映射给 mag 变量 e_visual_map doesn't respect color and size in e_scatter_3d simultaneously JohnCoene/echarts4r#474
  最近的进展详见论坛讨论 https://d.cosx.org/d/423701 待 echarts4r 更新至 0.4.5 后勾掉