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Aspera高速下载软件安装
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#Aspera是一款高速下载软件,从官网下载后
tar -zxf aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.tar.gz
sh aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.sh
#软件安装在/home/.aspera/下,使用ls -a可以看见
cd ~/.aspera/connect/bin
echo 'PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
ascp --help
#软件使用过程中可能遇到的报错:
#1.Session Stop (Error: Server aborted session: No such file or directory)这是因为SRA数据可能暂时未同步。
#Session Stop(Error: Cilent unable to connect to sever (check UDP port and firewall))此情况我通常会再次输入下载代码进行下载,
一般都会成功。也可以在下载代码中加入-P33001
#Session Stop (Error: failed to authenticate)这个报错我在下载单一测序数据时遇到过,
但是在等待一段时间后重新批量下载则成功。如果还是遇到此报错不妨输入
LOG FASP Session Start uuid=ff820f21-f00f-4ab5-ab7e-ceba3a18a81c op=send
status=failed errcode=19 errstr="Authentication failure"
#批量下载的代码
for i in `seq 1253 1378`
do
ascp -i ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -QT -l 500m
[email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR629/SRR629${i}/SRR629${i}.sra ~/virus/virus_data
done
#注意-i表示引入私钥,一定要从绝对路径引入私钥asperaweb_id_openssh,-T最好加上,取消加密。否则很容易下载失败。-k表示断点续传,
通常设置为1即可。-l 500m表示设置最大下载速度为每秒500Mb。在此设置下载下,平均速度可以达到400Mb/s。