- Herramientas para las publicaciones abiertas
- Herramientas para la reproducibilidad
- Herramientas adicionales para Resultados Abiertos
- Lección 5: Resumen
- Lección 5: Evaluación
- Resumen del Módulo 2: Herramientas y Recursos Abiertos
Esta lección se centra en las herramientas disponibles para compartir productos de investigación. Comienza con un análisis de las herramientas para la gestión de proyectos de investigación. Luego introduce las herramientas para publicaciones abiertas y cómo encontrarlas. A continuación, discute las herramientas para los resultados abiertos. Por último, esta lección analiza el concepto de reproducibilidad. Las revistas son una herramienta para compartir tus resultados y estos son discutidos con más detalle en el Módulo 5 - Resultados Abiertos.
Al finalizar esta lección deberías ser capaz de:
- Describir algunos de los beneficios de las preimpresiones (preprints) e identificar recursos para revistas de Acceso Abierto.
- Listar herramientas usadas comúnmente que incrementan la reproducibilidad de un resultado.
- Enumerar aplicaciones para gestión de proyectos y gestión de referencias.
Las herramientas de Ciencia Abierta pueden ser utilizadas como herramientas para escribir y producir contenido, como Planes de Gestión de Datos, presentaciones y preimpresiones (preprints). Las preimpresiones (preprints) son versiones preliminares de los documentos de investigación que se comparten públicamente antes de su publicación en revistas científicas. En algunas disciplinas, se comparten antes de la revisión por pares mientras que en otras disciplinas, puede ser sólo después de la revisión por pares y antes de la publicación. Son un componente vital de la creación de contenidos científicos abiertos, ya que promueven la transparencia, la rápida difusión del conocimiento y la colaboración entre las personas que investigan.
Al compartir preimpresiones (preprints), el equipo investigador puede recibir retroalimentación de la comunidad de investigación global, perfeccionar su trabajo y comunicar rápidamente sus hallazgos. Esto acelera el ritmo del descubrimiento científico y garantiza que la investigación valiosa sea accesible a un público más amplio, lo que se ajusta a los principios de la Ciencia Abierta.
Las preimpresiones (preprints) han adquirido especial relevancia durante la pandemia de COVID-19, donde desempeñaron un papel crucial en el rápido intercambio de información sobre el virus y sus efectos, enfatizando su importancia en el avance de la ciencia y la salud pública. Fundamentalmente, las preimpresiones (preprints) son importantes para la Ciencia Abierta. Considera los siguientes aspectos destacados:
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Difusión rápida: Las preimpresiones (preprints) permiten a las personas que investigan compartir rápidamente sus hallazgos con la comunidad científica y el público, a veces a los pocos días de completar su investigación. Esta difusión rápida es especialmente beneficiosa cuando se trata de temas urgentes o que evolucionan con rapidez.
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Revisión por pares: Aunque las preimpresiones (preprints) no son revisados por pares, a menudo se someten a una forma de revisión comunitaria. Las personas que investigan y las expertas pueden proporcionar retroalimentación y críticas constructivas, ayudando al equipo responsable de la autoría a mejorar su trabajo antes de la publicación formal de la revista.
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Variedad de las disciplinas: Las preimpresiones (preprints) no se limitan a ninguna disciplina científica específica. Se utilizan en disciplinas que van desde la medicina y la biología hasta la física y las ciencias sociales, convirtiéndolos en una herramienta versátil para difundir la investigación.
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Versiones y citaciones: Las preimpresiones (preprints) pueden tener diferentes versiones y el documento revisado por pares puede diferir. Se fomenta que las personas que investigan citen las preimpresiones (preprints) cuando debaten investigaciones en curso, permitiendo la transparencia en el discurso académico.
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Acceso gratuito: Las preimpresiones (preprints) suelen ser de libre acceso para cualquier persona con conexión a Internet. Este Acceso Abierto fomenta la igualdad y la inclusión en la ciencia, y permite a personas de diversas procedencias e instituciones participar en las investigaciones más recientes.
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No se trata de un reemplazo de la revisión por pares: Aunque las preimpresiones (preprints) son herramientas valiosas para el intercambio y la colaboración temprana, no son un sustituto de una publicación formal revisada por pares. Quienes investigan y quienes leen deben examinar las preimpresiones (preprints) sabiendo que no han sido sometidos al riguroso proceso de revisión por pares que ofrecen las revistas.
Las preimpresiones (preprints) son típicamente alojados en servidores dedicados a diferentes campos científicos. Los ejemplos incluyen: arXiv (física, matemática), bioRxiv (biología), medRxiv (medicina), y muchos otros. Estas plataformas ayudan a organizar y facilitar el intercambio de preimpresiones (preprints). El Marco de Ciencia Abierta (Open Science Framework, OSF) proporciona un servicio, en inglés, para buscar en múltiples servidores de preimpresión.
Recuerda que las preimpresiones (preprints) desempeñan un papel importante en la Ciencia Abierta, al promover un intercambio rápido y transparente de los resultados de la investigación en diversos ámbitos científicos. Ofrecen una valiosa oportunidad para que las personas que investigan difundan su trabajo y recopilen retroalimentación, lo que en última instancia hace avanzar el conocimiento científico.
Una forma habitual de compartir un artículo es elegir una revista que ya sea totalmente de Acceso Abierto y adoptar su licencia. Una forma de descubrir revistas abiertas es utilizando el Directorio de Revistas de Acceso Abierto (en inglés, Directory of Open Access Journals, DOAJ).
Para identificar la mejor revista de Acceso Abierto, puedes usar el Directorio de Revistas de Acceso Abierto (DOAJ) que proporciona un índice de búsqueda de todos los artículos y revistas de Acceso Abierto conocidas. El DOAJ y su página web sinérgica, Sherpa Romeo, sirven como herramientas útiles en las primeras etapas de la planificación de la investigación para ayudar a una persona que investiga a determinar qué revistas hay que tener en cuenta cuando llegue el momento de publicar sus resultados.
Para familiarizarte más con el DOAJ, visita [https://doaj.org/] y busca The Astronomical Journal, publicado por la American Astronomical Society (Sociedad Astronómica Americana). Una vez que selecciones la revista, podrás ver los costos de publicación, detalles sobre licencias, derechos de retención de autoría, tiempo de publicación y otros detalles.
Una vez que hayas encontrado la revista, responde a las siguientes preguntas:
- ¿Cuándo empezó a publicar como Acceso Abierto?
- ¿Qué licencia se utiliza para las publicaciones?
- ¿Qué derechos conservan las personas responsables de la autoría sobre sus publicaciones?
Nota: Si las publicaciones no tienen Acceso Abierto, la revista no aparecerá en los resultados de búsqueda. Además, como DOAJ aplica criterios estrictos para figurar en su directorio, tampoco es probable que encuentres editoriales depredadoras.
En esta lección, vamos a profundizar en algunas herramientas disponibles para la reproducibilidad (computacional).
El Informe de Academias Nacionales 2019 (en inglés) definió la reproducibilidad como:
- Reproducibilidad significa obtener resultados computacionales consistentes usando los mismos datos de entrada (inputs), pasos computacionales, métodos, código y condiciones de análisis.
- Replicabilidad significa obtener resultados coherentes en todos los estudios destinados a responder a la misma pregunta científica, cada uno de los cuales ha obtenido sus propios datos.
La búsqueda de la reproducibilidad tiene como objetivo garantizar que las personas investigadoras obtengan el mismo resultado al seguir los mismos pasos, así como permitirles copiar un entorno y desarrollar un resultado editando dicho entorno para aplicarlo a un problema similar. Esta característica adicional ofrece a otras personas la posibilidad de basarse directamente en trabajos anteriores y obtener más ciencia con la misma cantidad de financiamiento.
Herramientas para apoyar la reproducibilidad en los resultados de investigación:
- Jupyter Notebooks (en inglés) - Una aplicación web para crear y compartir documentos computacionales. Ofrece una experiencia sencilla, ágil y centrada en los documentos.
- Jupyter Books (en inglés)- Construye libros y documentos atractivos, y de calidad editorial, a partir de contenido computacional.
- R Markdown (en inglés)- Produce documentos totalmente reproducibles. Utiliza una interfaz de cuaderno productiva para entrelazar texto narrativo y código, y producir resultados con un formato elegante.
- Binder (en inglés) - Crea entornos de computación personalizados que pueden ser compartidos y utilizados por muchas personas de manera remota.
- Quarto (en inglés) - Combina los cuadernos Jupyter con opciones flexibles para producir resultados de calidad en una amplia variedad de formatos.
Nota: Como habrás observado, muchas herramientas de Ciencia Abierta demandan conocimientos intermedios o avanzados en materia de datos e información y programación, especialmente si se trata de proyectos de investigación que requieren una programación intensiva. Una de las mejores maneras de aprender estas habilidades es a través del contacto con las comunidades respectivas, que a menudo proporcionan capacitación y tutoría.
Los avances de las últimas décadas en herramientas de gestión de proyectos de investigación y laboratorios han contribuido a satisfacer la creciente demanda de rapidez, innovación y transparencia en la ciencia. Tales herramientas se desarrollan para apoyar la colaboración, asegurar la integración de datos, automatizar procesos, crear flujos de trabajo y aumentar la productividad.
Los grupos de investigación pueden utilizar ahora herramientas de gestión de proyectos para esfuerzos muy especializados. Utilizan plataformas existentes o desarrollan su propio software para compartir materiales dentro del grupo y gestionar proyectos o tareas.
Existen plataformas y herramientas perfectamente adaptadas a las necesidades (y frustraciones) de quienes investigan. A menudo son creadas por las personas que hacen ciencia para quienes hacen ciencia. Para explorar algunos ejemplos, pasemos a la ciencia experimental.
Protocolo es un término comúnmente utilizado y a la vez un resultado de investigación. Un protocolo puede definirse como "un método escrito, predefinido, para realizar un procedimiento en el diseño e implementación de experimentos". Los protocolos se escriben siempre que es deseable estandarizar un método de laboratorio para garantizar la reproducción satisfactoria de los resultados por parte de otras personas del mismo laboratorio o de otros laboratorios", según la Guía de Investigación en Ciencias Biológicas de la Universidad de Delaware (EE.UU.).
En un sentido más amplio, protocolo comprende flujos de trabajo informáticos documentados, procedimientos operativos con instrucciones paso a paso o incluso listas de comprobación de seguridad.
Protocols.io es una plataforma en línea y segura para las personas que hacen ciencia afiliadas al mundo académico, la industria, organizaciones sin fines de lucro y agencias. Esta permite a quienes la usan la creación, gestión, intercambio, mejora y la posibilidad de compartir métodos y protocolos de investigación de distintas disciplinas. Este recurso puede mejorar la colaboración y el mantenimiento de registros, lo que aumenta la productividad de los equipos y facilita la enseñanza, especialmente en las ciencias humanas. En su versión gratuita, protocols.io admite compartir los protocolos públicamente, mientras que los planes pagos permiten compartirlos de forma privada, por ejemplo para la industria.
Algunas de las herramientas están diseñadas específicamente para la Ciencia Abierta con un concepto de diseño abierto desde la fase de ideación. Estas herramientas buscan apoyar el ciclo de vida de la investigación en todas sus fases y permiten la integración con otras herramientas de Ciencia Abierta.
Por ejemplo, el Open Science Framework (OSF), desarrollado por Center for Open Science, es una herramienta de gestión de proyectos gratuita y de Código Abierto. El OSF apoya a las personas investigadoras a lo largo de todo el ciclo de vida de sus proyectos mediante flujos de trabajo abiertos y centralizados. Captura diferentes aspectos y productos del ciclo de vida de la investigación, incluyendo el desarrollo de una idea de investigación, el diseño de un estudio, el almacenamiento y análisis de los datos recogidos, y la redacción y publicación de informes o artículos.
El OSF está diseñado para ser una plataforma colaborativa en la que quienes la usan puedan compartir objetos de investigación de varias fases de un proyecto. Apoya a un público amplio y diverso, incluidas aquellas personas que investigan y que quizá no hayan podido acceder a determinados recursos debido a desventajas socioeconómicas históricas. El OSF también contiene otras herramientas en su propia plataforma.
"Si bien hay muchas funciones integradas en OSF, la plataforma también permite complementos o integraciones de terceros que fortalecen su funcionalidad y la naturaleza colaborativa. Estos complementos se dividen en dos categorías: integraciones de gestión de citas e integraciones de almacenamiento. Mendeley y Zotero pueden integrarse como soporte para la gestión de citas, mientras que Amazon S3, Box, Dataverse, Dropbox, figshare, GitHub y oneCloud pueden integrarse como soporte para el almacenamiento. El OSF proporciona almacenamiento ilimitado para proyectos, pero los archivos individuales están limitados a 5 gigabytes (GB) cada uno."
Centro para la Ciencia Abierta
Es habitual que los distintos tipos de resultados se conserven en lugares diferentes para optimizar su descubrimiento y reuso. Un Registro de Proyecto actualizado proporciona una visión rápida de todos los resultados. Las mejores prácticas para gestionarlo incluyen:
- Crear y actualizar un Registro de Proyecto junto con la conservación de los resultados (como se ha descrito anteriormente) en forma de hoja de cálculo u otro tipo de lista. Puede tratarse de un registro actualizado para todo el proyecto o de un registro nuevo para cada meta.
- Incluir en cada entrada del registro una descripción del objeto, la cita preferida y el identificador persistente (por ejemplo, DOI), así como cualquier otra información útil que respalde el proyecto. Para los resultados que no tengan un identificador persistente, facilitar una URL y una descripción.
- Conservar el Registro de Proyecto como un componente de éste. Muchos financiadores requieren en sus informes anuales una lista tanto de las publicaciones revisadas por pares como de todos los resultados del proyecto. El Registro de Proyecto puede facilitarse al financiador durante el proceso de elaboración del informe, o utilizarse como herramienta de seguimiento para ayudar a completar el informe.
Es fundamental llevar un registro de todos los documentos a los que se hace referencia, de todos los conjuntos de datos que se utilizan y de todas las bibliotecas de software con las que se trabaja. Un solo artículo puede citar docenas de referencias, y cada cosa nueva que produzcas no hará sino engrosar esa lista. El software de gestión de referencias puede ayudar a organizar estas referencias y crear automáticamente una lista de citas en el formato que se requiera (BibTeX, Word, Google docs, etc.).
Durante la redacción de los resultados, hacer un seguimiento de las referencias y crear una bibliografía con el formato correcto puede resultar abrumador. Un software de gestión puede llevar un seguimiento de las referencias y puede compartirse con quienes también estén trabajando en el documento.
Algunas de las funciones habituales de un software de gestión de referencias son:
- Mantener la base de datos de los metadatos del artículo.
- Importar metadatos del artículo desde PDFs.
- Rastrear conjuntos de datos y versiones de software y DOIs.
- Crear referencias formateadas y bibliografía para muchos estilos de revistas diferentes.
Algunos ejemplos de software de gestión de referencias son:
- Mendeley
- EndNote
- Zotero
Zotero ayuda a gestionar metadatos y citas de software, datos y publicaciones a través de una interfaz de arrastrar y soltar. El equipo investigador puede utilizar esta herramienta para generar automáticamente archivos de citas (por ejemplo, en formato BibTeX).
- Código abierto.
- Arrastrar y soltar archivos PDF para importar metadatos.
- Word + plugins del navegador.
- Exportar citas a BibTeX.
En esta lección has aprendido:
- Beneficios de las preimpresiones (preprints) y recursos para las revistas de Acceso Abierto.
- Herramientas para la reproducibilidad y replicabilidad de tus estudios.
- Herramientas adicionales que están disponibles para ayudar a gestionar los resultados abiertos, incluyendo la gestión de proyectos y la gestión de referencias.
Responde las siguientes preguntas para poner a prueba lo que has aprendido hasta ahora.
Pregunta
01/03
Lee esta afirmación y decide si es verdadera o falsa:
Reproducibilidad significa obtener resultados computacionales consistentes utilizando los mismos datos de entrada, pasos computacionales, métodos, código y condiciones de análisis.
- Verdadero
- Falso
Pregunta
02/03
¿Cuál de los siguientes pasos seguirías para gestionar el registro de resultados de un proyecto? Selecciona todos los que correspondan.
- Crear y actualizar un Registro de Proyecto junto con la conservación de los resultados en forma de hoja de cálculo u otro tipo de lista.
- Incluir en cada entrada del registro una descripción del objeto, la cita preferida y el identificador persistente (por ejemplo, DOI), así como cualquier otra información útil que respalde el proyecto.
- Conservar el Registro de Proyecto como componente de éste.
- Registrar todos los resultados en un cuaderno de papel
Pregunta
03/03
¿Cuál NO es una función del software de gestión de referencias?
- Mantener la base de datos de los metadatos del artículo
- Importar metadatos de artículos desde PDFs
- Rastrear conjuntos de datos y versiones de software y DOIs
- Crear resúmenes de artículos de investigación
A lo largo de este módulo, has aprendido algunos de los conceptos y herramientas que apoyan el descubrimiento y el uso de la investigación abierta, que se pueden utilizar para hacer datos y software, y que sirven para compartir sus resultados. Entre ellos se incluyen:
- Los elementos fundamentales de la Ciencia Abierta, que incluyen productos de investigación como datos, código y resultados.
- Recursos usados para descubrir y evaluar resultados de investigación para su reuso, incluyendo repositorios, portales de búsqueda, publicaciones, documentación, metadatos y licencias.
- La elaboración y puesta en común de datos que emplean los principios FAIR mediante la incorporación de un Plan de Gestión de Datos, el uso de identificadores y citas persistentes, y la utilización de los formatos de datos y herramientas adecuados para la elaboración de datos y la puesta en común de resultados.
- El uso de las herramientas necesarias para el desarrollo de software, incluidos el código fuente, los kernels, los lenguajes de programación, el software de terceros y el control de versiones.
- Las herramientas y tipos de documentación usados para publicar y gestionar Software Abierto.
- Los recursos para compartir los productos de la investigación, incluidas las preimpresiones (preprints), las publicaciones de Acceso Abierto, los sistemas de gestión de referencias y los recursos de apoyo a la reproducibilidad.