A dockerfile to set a correct environnement

[SebSwan]

Hello, i don't know python environnement, it will be welcome to add a dockerfile to easily use pyfes.

with the help of LLM, i did one file but it can be improved.

Utiliser une image Ubuntu LTS comme base

FROM ubuntu:22.04

Éviter les interactions pendant l'installation des packages

ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive

Définir les variables d'environnement

ENV CONDA_DIR=/opt/conda
ENV PATH=$CONDA_DIR/bin:$PATH
ENV PYTHONUNBUFFERED=1

Installation des dépendances système

RUN apt-get update && apt-get install -y
wget
git
build-essential
cmake
&& rm -rf /var/lib/apt/lists/*

Installation de Miniforge

RUN wget -q https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh -O miniforge.sh
&& chmod +x miniforge.sh
&& ./miniforge.sh -b -p $CONDA_DIR
&& rm miniforge.sh

Configurer conda

RUN conda config --set auto_activate_base false
&& conda config --add channels conda-forge
&& conda config --set channel_priority strict

Créer l'environnement conda avec les dépendances

RUN conda create -n fes python=3.11
&& conda install -n fes -c conda-forge
hdf5
netcdf4
numpy
pyyaml
setuptools
setuptools_scm
pip
boost-cpp=1.82.0
eigen
blas
&& conda clean -afy

Activer l'environnement conda par défaut

ENV PATH=$CONDA_DIR/envs/fes/bin:$PATH
ENV CONDA_DEFAULT_ENV=fes
ENV CONDA_PREFIX=$CONDA_DIR/envs/fes

Cloner et installer PyFES

WORKDIR /opt
RUN git clone https://github.com/CNES/aviso-fes.git
&& cd aviso-fes
&& git submodule update --init --recursive
&& python setup.py install
&& cd ..
&& rm -rf aviso-fes

Créer un répertoire pour les données

RUN mkdir -p /data/fes

Créer un répertoire de travail

WORKDIR /work

Créer un volume pour les données et le code

VOLUME ["/work", "/data/fes"]

Script de vérification de l'installation

COPY <<EOF /usr/local/bin/verify_install.py
import pyfes
print(f"PyFES version {pyfes.version} installed successfully")
EOF

Vérifier l'installation au démarrage

RUN python /usr/local/bin/verify_install.py

Point d'entrée par défaut

ENTRYPOINT ["conda", "run", "-n", "fes"]
CMD ["python"]