ERROR: LoadError: GeneticVariation.VCF.Reader file format error on line 254 ~>";esv3585"

[gtollefson]

I receive the following error when loading a VCF 4.1 file as a Reader() object:

ERROR: LoadError: GeneticVariation.VCF.Reader file format error on line 254 ~>";esv3585"

Stacktrace:

[1] _read!(::GeneticVariation.VCF.Reader, ::BioCore.Ragel.State{BufferedStreams.BufferedInputStream{IOStream}}, ::GeneticVariation.VCF.Record) at /Users/auzun/.julia/v0.6/BioCore/src/ReaderHelper.jl:164

[2] read! at /Users/auzun/.julia/v0.6/BioCore/src/ReaderHelper.jl:134 [inlined]

[3] (::ViVa.##7#8{SubString{String},String,Int64,Int64,GeneticVariation.VCF.Record})(::GeneticVariation.VCF.Reader) at /Users/auzun/Documents/Projects/ViVa/viva_for_alper/ViVa.jl/src/vcf_utils_complete.jl:145

[4] #open#1(::Array{Any,1}, ::Function, ::ViVa.##7#8{SubString{String},String,Int64,Int64,GeneticVariation.VCF.Record}, ::Type{GeneticVariation.VCF.Reader}, ::String, ::Vararg{String,N} where N) at /Users/auzun/.julia/v0.6/BioCore/src/IO.jl:41

[5] io_chromosome_range_vcf_filter(::String, ::String) at /Users/auzun/Documents/Projects/ViVa/viva_for_alper/ViVa.jl/src/vcf_utils_complete.jl:128

[6] include_from_node1(::String) at ./loading.jl:576

[7] include(::String) at ./sysimg.jl:14

[8] process_options(::Base.JLOptions) at ./client.jl:305

[9] _start() at ./client.jl:371

The VCF file does not appear to have the string ";esv3585" at line 254. I've pasted line 254 of the VCF file below. Do you have any idea what may be triggering this error? Is it possible to accommodate for this in the current version of GeneticVariation.jl?

We are using GeneticVariation.jl to power a tool we are developing.

Line 254:

1 10177 rs367896724 A AC 100 PASS AC=2130;AF=0.425319;AN=5008;NS=2504;DP=103152;EAS_AF=0.3363;AMR_AF=0.3602;AFR_AF=0.4909;EUR_AF=0.4056;SAS_AF=0.4949;AA=|||unknown(NO_COVERAGE);VT=INDEL GT 1|0 0|1 0|1 1|0 0|0 1|0 1|0 1|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 1|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|1 1|0 0|1 0|1 0|1 0|1 1|0 0|0 1|0 1|0 0|0 0|1 0|0 0|0 1|0 0|1 1|0 0|0 1|0 1|0 0|0 1|0 0|1 0|1 0|0 0|0 1|0 1|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 1|0 1|1 1|0 0|1 0|0 0|0 1|1 0|1 0|0 0|1 0|1 0|0 1|0 1|0 1|0 0|1 0|0 1|0 1|0 1|0 0|0 1|0 0|0 0|1 0|1 1|0 0|1 1|1 0|0 0|1 0|0 1|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 1|0 1|0 0|0 0|1 0|0 1|0 0|0 1|0 0|1 1|0 0|1 0|1 0|1 1|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|1 1|0 1|0 1|0 1|0 1|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 1|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 1|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 0|0 1|0 0|0 0|1 1|0 0|1 0|0 1|0 1|0 0|0 0|1 1|1 0|0 1|1 0|1 0|0 1|0 1|0 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 1|0 0|1 0|0 0|0 0|1 1|0 0|0 0|0 1|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 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[TransGirlCodes]

Does this pattern ";esv3585" appear anywhere in the file at all according to a unix grep?

[gtollefson]

It does appear, but not at the line it specifies in the error message.

[gtollefson]

It appears in the ID field. Most fields have rs numbers in the ID field/column, but this VCF contains two id numbers in the id field, separated by ";". From what I can tell it has either rs# alone, rs#;esv#, or .;esv# numbers in the ID field.

[TransGirlCodes]

Ok, does this happen just when you construct the reader, or when you try to read the record with a ';' in the ID column? Do you have a minimal small example of the vcf I can play with. Use grep or sed or whatever to make a short version of the file with some fine parts and some of the problem lines. I can have a play and see what is going on.

[gtollefson]

@benjward It only happens when reading a record with a ; in the ID column. It constructs the reader without error.

I've attached a small example VCF file including the offending lines.

1000G_testsubset_merge.vcf.zip