config_templete.ini

[PATH]
; 作業フォルダを作成する場所
distination_path = ~/Desktop/
; テンプレートとするpdbファイルの場所
templete_pdb_path = /Users/toneyusuke/Workbench/templete/templete.pdb
; preparemdのスクリプトの場所
preparemd_script_path = ~/GitHub/preparemd/run_preparemd.py
; 基質のパラメータファイルの場所
parameter_file_path = ~/Workbench/templete/top/fpp.mol2

[SETTINGS]
; 作業フォルダの名前
workbench_dir_name = hogehoge
; ディスオーダー領域を削除するか
remove_disordered_residue = True
; modellerで構造内部のUnmodelled領域を構築するかどうか(未対応)
; using_modeller_for_disordered_residue = False
; テンプレートのヘテロ原子などを挿入するかどうか
; 具体的な原子もしくは残基名は次セクション[RESIDUES_NAME_IN_TEMPLETE]で指定する
insert_residue_from_temolete = True
; Rosettaで基質・ヘテロ金属原子の最適化を行うかどうか
rosetta_packing = True
; テンプレートの基質を挿入するかどうか
; 具体的な基質名は次セクション[RESIDUES_NAME_IN_TEMPLETE]で指定する
insert_substrate_from_templete = True

[RESIDUES_NAME_IN_TEMPLETE]
; 挿入するヘテロ原子などの名前(複数種未対応)
insert_residue_name = MG
; 挿入する基質の名前(複数未対応)
insert_substrate_name = FPP

[ROSETTA_SETTINGS]
;  Rosettaのinit()で指定する引数
; 「-」「--」は除いて指定すること
use_input_sc
; input_ab_scheme = AHo_Scheme
ignore_unrecognized_res
ignore_zero_occupancy = False
load_PDB_components = False
relax:default_repeats = 2
in:auto_setup_metals
no_fconfig

[PREPAREMD_SETTINGS]
;  preparemdの引数。https://github.com/YoshitakaMo/preparemd に準拠しているためそちらを参照
; 「-」「--」は除いて指定すること
fftype = ff19SB
num_mddir = 2
ns_per_mddir = 50
boxsize = 80 80 80
ion_conc = 150
machineenv = yayoi
sslink =
rotate =
trajprefix =
prep =
; 次のパラメータは使用しない
; file = ./pre_leap.pdb
; distdir = ./
; strip =
; mol2 = FPP = loadMol2 /Users/toneyusuke/Workbench/templete/top/fpp.mol2

[ID]
; 対象とするIDを指定する。
; PDB ID、Uniplot IDの両方指定可能。複数指定可能。大文字小文字のどちらでも指定可能。
; 重複したIDは片方のみ処理される。
; 以下はTypeCのFPP環化酵素の例
Q8YN85
; B2J4A4
; Q82RR7
; G5EKM9
; A0A097ZQD8
; A0A097ZQE4
; A9FZ87
; C7PA56
; D9XD61
; A0A2N3Y098
; B5GTQ6
; B2HGU3
; E8W6C7
; G5EKM9
; B5HDJ6
; A0A2N9BKY0
; Q9X839
; Q03471
; Q9UR08