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Tutorial_Control_de_calidad_de_lecturas_NGS.md

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Tutorial: Control de calidad de lecturas NGS

Las lecturas crudas obtenidas del secuenciador en Next Generation Sequencing (NGS) pueden contener secuencias de adaptadores usados en la secuenciación, contaminantes y sitios con bajas calidades.

Comúnmente en el extremo 3' de las lecturas posee una menor calidad que el extremo 5'.

El procesamiento de las lecturas para eliminar las secuencias pertenecientes a adaptadores y los pares de bases con baja calidad se denomina Trimming.

Para realizar un trimming adecuado de lecturas se debe hacer un análisis previo de la calidad de la secuenciación mediante el programa FastQC.

  1. Conectarse al Servidor ssh -Y [email protected] La contraseña fue proyectada en clase, pregunten en gitter si no la recuerdan.

  2. Usando las lecturas crudas de una secuenciación NGS ejecute FastQC: Los datos están en Datos: 181004_curso_calidad_datos_NGS/fastq_raw

  3. Cree un Directorio con su nombre. Ejemplo:

    mkdir ricardo
cd ricardo

  4. Ejecute FastQC de la siguiente forma para un archivo fastq (contiene las lecturas crudas):

$ fastqc “archivo_fastq” -o “directorio_salida” ` Ejemplo de una muestra usando las lecturas crudas:

$ fastqc ../181004_curso_calidad_datos_NGS/fastq_raw/S3_R1.fastq.gz -o .

El punto al final es importante (significa, usar este directorio para el resultado)

4. Análisis luego de la poda

Realizarom una poda de los datos para eliminar adaptadores, lecturas con la secuencia del fago PhiX y lecturas con una calidad baja.

  1. Usando las filtradas ejecute FastQC para contrastar las diferencias tras el filtro: Datos: bioinfo1/181004_curso_calidad_datos_NGS/fastq_filter

  2. Ejemplo de la muestra anterior usando las lecturas filtradas:

`$ fastqc ../181004_curso_calidad_datos_NGS/fastq_filter/S3_R1_filter.fastq.gz -o .``

5. Tarea

  1. Genere un informe de calidad con fastq para una muestra (cada estudiante una muestra distinta), para R1 y R2.

  2. Baje los archivos HTML a su computados mediante sftp (puede usar cualquier cliente o la línea de comandos. Por ejemplo, ejecutando desde su computador local: scp [email protected]:ricardo/S3_R1_fastqc* .

    Nota: el punto al final es importante, porque dice que los archivos deben copiarse en el directorio actual (en el computador local). Nota 2: el asterisco significa cualquier caracter(es) y permite hacer match con múltiples archivos.

  3. Analice el informe de calidad creado con fastqc para las lecturas R1 y R2.

  4. Seleccione las 4 figuras más importantes a su criterio para analizar la calidad de la corrida, cópielas a un archivo Word y agregue su interpretación de cada figura.

  5. En la primera página, ponga una portada con su nombre, y Tarea 1 de la Unidad 6

** Plazo de entrega: Martes 16/4 ** ** Forma de entrega: Google classroom **