plot_inter_conditions_3.m

%This one requires running data from Non Learning condition
function plot_inter_conditions_3(Rat,nFF,level,ro,w,labelconditions,label1,label2,iii,P1,P2,p,timecell,sig1_nl,sig2_nl,ripple_nl,carajo_nl,veamos_nl,CHTM2,q,timeasleep2,RipFreq3,RipFreq2,timeasleep,ripple,CHTM)
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % cd(strcat('/home/raleman/Documents/internship/',num2str(Rat)))
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % 
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % cd(nFF{3})
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % 
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %run('newest_load_data_nl.m')
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %[sig1_nl,sig2_nl,ripple2_nl,carajo_nl,veamos_nl,CHTM_nl]=newest_only_ripple_nl;
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % [sig1_nl,sig2_nl,ripple_nl,carajo_nl,veamos_nl,CHTM2]=newest_only_ripple_nl;
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % ripple3=ripple_nl;
ripple3=ripple_nl;
%ran=randi(length(p),100,1);

% % % % % % % sig1_nl=cell(7,1);
% % % % % % % 
% % % % % % % sig1_nl{1}=Mono17_nl;
% % % % % % % sig1_nl{2}=Bip17_nl;
% % % % % % % sig1_nl{3}=Mono12_nl;
% % % % % % % sig1_nl{4}=Bip12_nl;
% % % % % % % sig1_nl{5}=Mono9_nl;
% % % % % % % sig1_nl{6}=Bip9_nl;
% % % % % % % sig1_nl{7}=Mono6_nl;
% % % % % % % 
% % % % % % % 
% % % % % % % sig2_nl=cell(7,1);
% % % % % % % 
% % % % % % % sig2_nl{1}=V17_nl;
% % % % % % % sig2_nl{2}=S17_nl;
% % % % % % % sig2_nl{3}=V12_nl;
% % % % % % % % sig2{4}=R12;
% % % % % % % sig2_nl{4}=S12_nl;
% % % % % % % %sig2{6}=SSS12;
% % % % % % % sig2_nl{5}=V9_nl;
% % % % % % % % sig2{7}=R9;
% % % % % % % sig2_nl{6}=S9_nl;
% % % % % % % %sig2{10}=SSS9;
% % % % % % % sig2_nl{7}=V6_nl;
% % % % % % %  
% % % % % % % % ripple=length(M);
% % % % % % % 
% % % % % % % %Number of ripples per threshold.
% % % % % % % ripple_nl=sum(s17_nl);

% [p_nl,q_nl,timecell_nl,~,~,~]=getwin2(carajo_nl{:,:,level},veamos_nl{level},sig1_nl,sig2_nl,label1,label2,ro,ripple_nl(level),thr_nl(level+1));
[p_nl,q_nl,timecell_nl,~,~,~]=getwin2(carajo_nl{:,:,level},veamos_nl{level},sig1_nl,sig2_nl,label1,label2,ro,ripple_nl(level),CHTM2(level+1));

% % % % % load(strcat('randnum2_',num2str(level),'.mat'))
% % % % % ran_nl=ran;


av=cat(1,p_nl{1:end});
%av=cat(1,q_nl{1:end});
av=av(1:3:end,:); %Only Hippocampus

%AV=max(av.');
%[B I]= maxk(AV,1000);

%AV=max(av.');
%[B I]= maxk(max(av.'),1000);


[ach]=max(av.');
achinga=sort(ach,'descend');
achinga=achinga(1:1000);
B=achinga;
I=nan(1,length(B));
for hh=1:length(achinga)
   % I(hh)= min(find(ach==achinga(hh)));
I(hh)= find(ach==achinga(hh),1,'first');
end


[ajal ind]=unique(B);
if length(ajal)>500
ajal=ajal(end-499:end);
ind=ind(end-499:end);
end
dex=I(ind);

ran_nl=dex.';

p_nl=p_nl([ran_nl]);
q_nl=q_nl([ran_nl]);
timecell_nl=timecell_nl([ran_nl]);

%Need: P1, P2 ,p, q. 
P1_nl=avg_samples(q_nl,timecell_nl);
P2_nl=avg_samples(p_nl,timecell_nl);

%cd(strcat('/home/raleman/Documents/internship/',num2str(Rat)))
cd(strcat('D:\internship\',num2str(Rat)))
cd(nFF{iii})

%%
%Plot both: No ripples and Ripples. 
allscreen()
%%
subplot(2,3,1)
plot(timecell_nl{1},P2_nl(w,:))
xlim([-1,1])
%xlim([-0.8,0.8])
grid minor
narrow_colorbar()
title('Wide Band No Learning')
win1=[min(P2_nl(w,:)) max(P2_nl(w,:)) min(P2(w,:)) max(P2(w,:))];
win1=[(min(win1)) round(max(win1))];
ylim(win1)
xlabel('Time (t)')
ylabel('uV')
%%

% subplot(3,3,3)
% plot(timecell_nl{1},P1_nl(w,:))
% xlim([-1,1])
% %xlim([-0.8,0.8])
% grid minor
% narrow_colorbar()
% title('High Gamma NO Learning')
% 
% win2=[min(P1_nl(w,:)) max(P1_nl(w,:)) min(P1(w,:)) max(P1(w,:))];
% win2=[(min(win2)) (max(win2))];
% ylim(win2)

%%

subplot(2,3,2)
plot(timecell{1},P2(w,:))
xlim([-1,1])
%xlim([-0.8,0.8])
grid minor
narrow_colorbar()
title(strcat('Wide Band',{' '},labelconditions{iii}))
%title(strcat('Wide Band',{' '},labelconditions{iii}))
ylim(win1)
xlabel('Time (s)')
ylabel('uV')

%%
% subplot(2,3,4)
% plot(timecell{1},P1(w,:))
% xlim([-1,1])
% %xlim([-0.8,0.8])
% grid minor
% narrow_colorbar()
% %title('High Gamma RIPPLE')
% title(strcat('High Gamma',{' '},labelconditions{iii-3}))
% %title(strcat('High Gamma',{' '},labelconditions{iii}))
% ylim(win2)

%% Time Frequency plots
% Calculate Freq1 and Freq2
toy = [-1.2:.01:1.2];

if length(p)>length(p_nl)
p=p(1:length(p_nl));        
timecell=timecell(1:length(p_nl));
end

if length(p)<length(p_nl)
p_nl=p_nl(1:length(p));
timecell_nl=timecell_nl(1:length(p));
end


freq1=justtesting(p_nl,timecell_nl,[1:0.5:30],w,10,toy);
freq2=justtesting(p,timecell,[1:0.5:30],w,0.5,toy);
% 
% FREQ1=justtesting(p_nl,timecell_nl,[0.5:0.5:30],w,10,toy);
% FREQ2=justtesting(p,timecell,[0.5:0.5:30],w,0.5,toy);


% Calculate zlim
%%

% Freq10=ft_freqbaseline(cfg,FREQ1);
% Freq20=ft_freqbaseline(cfg,FREQ2);

%%
cfg              = [];
cfg.channel      = freq1.label{w};
[ zmin1, zmax1] = ft_getminmax(cfg, freq1);
[zmin2, zmax2] = ft_getminmax(cfg, freq2);

zlim=[min([zmin1 zmin2]) max([zmax1 zmax2])];

% zlim=[-max(abs(zlim)) max(abs(zlim))];

%%
cfg              = [];
cfg.zlim=zlim;% Uncomment this!
cfg.channel      = freq1.label{w};
cfg.colormap=colormap(jet(256));

% % cfg.baseline       = 'yes';
% % % cfg.baseline       = [ -0.1];
% % 
% % cfg.baselinetype   =  'absolute'; 
% % cfg.renderer       = [];
% % %cfg.renderer       = 'painters', 'zbuffer', ' opengl' or 'none' (default = [])
% %     cfg.colorbar       = 'yes';

%%
subplot(2,3,4)
ft_singleplotTFR(cfg, freq1); 
% freq1=justtesting(p_nl,timecell_nl,[1:0.5:30],w,10)
g=title('Wide Band No Learning');
g.FontSize=12;

xlim([-1 1])
xlabel('Time (s)')
%ylabel('uV')
ylabel('Frequency (Hz)')

%%
subplot(2,3,5)
ft_singleplotTFR(cfg, freq2); 

% freq2=justtesting(p,timecell,[1:0.5:30],w,0.5)
%title('Wide Band RIPPLE')
g=title(strcat('Wide Band',{' '},labelconditions{iii}));
%title(strcat('Wide Band',{' '},labelconditions{iii}))
g.FontSize=12;


xlim([-1 1])
xlabel('Time (s)')
%ylabel('uV')
ylabel('Frequency (Hz)')
%error('stop')
%%
%
[stats]=stats_between_trials(freq1,freq2,label1,w);
%% 
 subplot(2,3,6)
% 
cfg = [];
cfg.channel = label1{2*w-1};
cfg.parameter = 'stat';
cfg.maskparameter = 'mask';
cfg.zlim = 'maxabs';
cfg.colorbar       = 'yes';
cfg.colormap=colormap(jet(256));
grid minor
ft_singleplotTFR(cfg, stats);
% title('Condition vs No Learning')
g=title(strcat(labelconditions{iii},' vs No Learning'))
g.FontSize=12;
%title(strcat(labelconditions{iii},' vs No Learning'))
xlabel('Time (s)')
%ylabel('uV')
ylabel('Frequency (Hz)')

%%
%Calculate Freq3 and Freq4
toy=[-1:.01:1];

if length(q)>length(q_nl)
q=q(1:length(q_nl));        
timecell=timecell(1:length(q_nl));
end

if length(q)<length(q_nl)
q_nl=q_nl(1:length(q));
timecell_nl=timecell_nl(1:length(q));
end

freq3=barplot2_ft(q_nl,timecell_nl,[100:1:300],w,toy);
freq4=barplot2_ft(q,timecell,[100:1:300],w,toy);
%%

% % % % % % % % % % cfg=[];
% % % % % % % % % % cfg.baseline=[-1 -0.5];
% % % % % % % % % % %cfg.baseline='yes';
% % % % % % % % % % cfg.baselinetype='db';
% % % % % % % % % % freq30=ft_freqbaseline(cfg,freq3);
% % % % % % % % % % freq40=ft_freqbaseline(cfg,freq4);


%%
% Calculate zlim
 
% cfg              = [];
% cfg.channel      = freq3.label{w};
% [ zmin1, zmax1] = ft_getminmax(cfg, freq30);
% [zmin2, zmax2] = ft_getminmax(cfg, freq40);
% 
% zlim=[min([zmin1 zmin2]) max([zmax1 zmax2])];
% 
%  zlim=[-max(abs(zlim)) max(abs(zlim))];

%%

% cfg              = [];
%  cfg.zlim=zlim;
% cfg.channel      = freq3.label{w};
% cfg.colormap=colormap(jet(256));

%%
% subplot(2,3,3)
% ft_singleplotTFR(cfg, freq3); 
% % freq3=barplot2_ft(q_nl,timecell_nl,[100:1:300],w);
% title('High Gamma NO Learning')
%%
% 
% subplot(2,3,3)
% % freq4=barplot2_ft(q,timecell,[100:1:300],w)
% %freq=justtesting(q,timecell,[100:1:300],w,0.5)
% %title('High Gamma RIPPLE')
% ft_singleplotTFR(cfg, freq4); 
% title(strcat('High Gamma',{' '},labelconditions{iii-3}))
% %title(strcat('High Gamma',{' '},labelconditions{iii}))

%%

[stats1]=stats_between_trials(freq3,freq4,label1,w);
%% %
 subplot(2,3,3)
cfg = [];
cfg.channel = label1{2*w-1};
cfg.parameter = 'stat';
cfg.maskparameter = 'mask';
cfg.zlim = 'maxabs';
cfg.colorbar       = 'yes';
cfg.colormap=colormap(jet(256));
grid minor
ft_singleplotTFR(cfg, stats1);
%title('Ripple vs No Ripple')
g=title(strcat(labelconditions{iii},' vs No Learning'));
g.FontSize=12;
%title(strcat(labelconditions{iii},' vs No Learning'))
xlabel('Time (s)')
%ylabel('uV')
ylabel('Frequency (Hz)')

%% EXTRA STATISTICS
% [stats1]=stats_between_trials(freq30,freq40,label1,w);
% % %
%  subplot(3,4,11)
% cfg = [];
% cfg.channel = label1{2*w-1};
% cfg.parameter = 'stat';
% cfg.maskparameter = 'mask';
% cfg.zlim = 'maxabs';
% cfg.colorbar       = 'yes';
% cfg.colormap=colormap(jet(256));
% grid minor
% ft_singleplotTFR(cfg, stats1);
% %title('Ripple vs No Ripple')
% title(strcat(labelconditions{iii-3},' vs No Learning (Baseline)'))
%title(strcat(labelconditions{iii},' vs No Learning'))
%%
% [stats1]=stats_between_trials(freq10,freq20,label1,w);
% % %
%  subplot(3,4,9)
% cfg = [];
% cfg.channel = label1{2*w-1};
% cfg.parameter = 'stat';
% cfg.maskparameter = 'mask';
% cfg.zlim = 'maxabs';
% cfg.colorbar       = 'yes';
% cfg.colormap=colormap(jet(256));
% grid minor
% ft_singleplotTFR(cfg, stats1);
% %title('Ripple vs No Ripple')
% title(strcat(labelconditions{iii-3},' vs No Learning (Baseline)'))
% %title(strcat(labelconditions{iii},' vs No Learning'))

%%
% %% Baseline parameters
% mtit('No Learning:','fontsize',14,'color',[1 0 0],'position',[.1 0.25 ])
% 
% mtit(strcat('Events:',num2str(ripple3(level))),'fontsize',14,'color',[1 0 0],'position',[.1 0.10 ])
% labelthr=strcat('Thr:',num2str(round(CHTM2(level+1))));
% mtit(strcat(labelthr),'fontsize',14,'color',[1 0 0],'position',[.1 0.15 ])
% 
% mtit(strcat(label1{2*w-1},' (',label2{1},')'),'fontsize',14,'color',[1 0 0],'position',[.1 0.2 ])
% 
% 
% mtit(strcat('Rip/sec:',num2str(RipFreq3(level))),'fontsize',14,'color',[1 0 0],'position',[.1 0.05 ])
% 
% 
% mtit(cell2mat(strcat({'Sleep:'},{num2str(timeasleep2)},{' '},{'min'})),'fontsize',14,'color',[1 0 0],'position',[.1 0.005 ])
% 
% %% Condition
% mtit(labelconditions{iii-3},'fontsize',14,'color',[1 0 0],'position',[.65 0.25 ])
% 
% mtit(strcat('Events:',num2str(ripple(level))),'fontsize',14,'color',[1 0 0],'position',[.65 0.10 ])
% labelthr=strcat('Thr:',num2str(round(CHTM(level+1))));
% mtit(strcat(labelthr),'fontsize',14,'color',[1 0 0],'position',[.65 0.15 ])
% 
% mtit(strcat(label1{2*w-1},' (',label2{1},')'),'fontsize',14,'color',[1 0 0],'position',[.65 0.2 ])
% 
% mtit(strcat('Rip/sec:',num2str(RipFreq2(level))),'fontsize',14,'color',[1 0 0],'position',[.65 0.05 ])
% 
% mtit(cell2mat(strcat({'Sleep:'},{num2str(timeasleep)},{' '},{'min'})),'fontsize',14,'color',[1 0 0],'position',[.65 0.005 ])

end